24小时热门版块排行榜    

查看: 744  |  回复: 2

海底的鱼0412

新虫 (小有名气)

[求助] 关于新分子gaussian输入文件、对称性、分子最小能量构型之间的矛盾

坛子里的各位大虫,本人最近在学习gaussian09,有几个问题:1.如果我想优化一个文献未报到的分子的结构,也就是说关于他的资料信息比较少,对于它的对称性点群信息和最优构型都未知的情况下,在建立输入文件的时候,还用考虑对称性限制么?(一个P原子连接三个相同基团)
2.如果对一个未知分子,如果设置对称性限制,让他属于某一点群,如果初始结构这样设置,那么优化出来的结构不也有对称性么,点群应该不变的是吧?但是这样一来,这种有对称性的结构一定是最优的结构么,会不会出现,如果一开始不设置对称性限制,那么优化出来的结构反而能量更低,结构更优?有对称性的分子一定能量最低?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

virtualzx

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gkf高: 金币+2 2013-10-05 10:58:52
海底的鱼0412: 金币+5, 有帮助 2013-10-06 14:42:17
优化之前一定要有对这个分子一定了解。

能量最低的结构不一定有最高的对称性,比如水,还有氨分子,都不具有分子可以具有的最高对称性,而只是携带一个子群。

即使不限制对称性,也要至少对分子的结构有一定预期才行。即使都是不限制对称性,从不同的几何开始优化也能得到不同的局部极小
2楼2013-10-05 10:23:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

海底的鱼0412

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by virtualzx at 2013-10-05 10:23:52
优化之前一定要有对这个分子一定了解。

能量最低的结构不一定有最高的对称性,比如水,还有氨分子,都不具有分子可以具有的最高对称性,而只是携带一个子群。

即使不限制对称性,也要至少对分子的结构有一定预 ...

但是在坛子里看了好久,也参考了一些资料,比较迷糊,都说如果输入文件有问题会计算的时候出错甚至得到错误的结果,我的最初结构是用动力学模拟退火方法得到的一个能量较低的构象而这个构象是不具有很好对称性的C1群,而gaussian输入文件是用chem3D转化而来的,没有对称性限制,那么我这样计算如果最后收敛的话是不是也可以认为是对的?
3楼2013-10-05 10:37:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 海底的鱼0412 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +4 angus9576 2026-08-17 8/400 2026-08-17 17:26 by angus9576
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 i7NFEVbjQMM5 2026-08-16 5/250 2026-08-17 16:38 by CBFiACZS7HAK
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 EWi2p09MOOv8 2026-08-16 3/150 2026-08-17 16:35 by CBFiACZS7HAK
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +34 医学老男孩 2026-08-13 81/4050 2026-08-17 16:20 by yudaoqian88
[博后之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 6GojgJvkDudM 2026-08-16 7/350 2026-08-17 16:14 by CBFiACZS7HAK
[考博] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 4/200 2026-08-17 13:49 by EYK67XJMj64E
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[论文投稿] 岩土工程学报什么时候才能终审完呐 25+3 yeager111 2026-08-10 4/200 2026-08-16 20:42 by tfang
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
请填处理意见