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lanmao20

金虫 (正式写手)

[交流] grow命令使用的疑惑

我有一个文件,在我解析的时候发现有应该是溶剂分子的四个q峰,在我对它进行命名之后,grow了一下(因为结构里有特殊位置,看了看分子的整体形状),发现似乎是形成了六元环,实验中的环溶剂只可能有甲苯,但是长出来的东西很奇怪,不是甲苯的样子,怎么说呢,感觉就是半个甲苯分子,但是甲基还不在特殊位置,另外,这几个长出来后貌似是苯的都不在特殊位置,但是删除它们q值很高,很疑惑,不明白为什么grow后会有这样的情况,应该怎么解决呢?这里真的有苯环存在么?谢谢。。。。根据实验,溶剂分子还可能有甲醇和乙醇,但是如果删除一个,命成乙醇后,电子密度很大,而且也不大对。。希望大家指教。。再次感谢。。。
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

对于你说的这种问题,我以前也遇到过,后来请高手解析该结构,发现几个大的Q峰被修成水分子的无序,即3个Q峰对应一个水分子的3个无序部分。根据你说叙述的,个人认为,这四个Q峰不象是甲苯分子,你可以试着按水分子无序修一下,用PART...1  PART...2 ...  PART...0和EADP命令精修,如果无序的严重的话,水分子中氧原子的位移参数可能达到0.4左右。
2楼2007-11-30 15:08:50
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lanmao20

金虫 (正式写手)

谢谢指教,试下。。。
3楼2007-11-30 16:17:05
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alusia

金虫 (正式写手)

不知道楼主有没有听说过这个句子:disordered by symmetry!
弄成O是可以自我解释过去,不过我认为还是应该首先考虑弄成溶剂成分。grow以后看着不像是正常的。

[ Last edited by alusia on 2007-12-2 at 10:52 ]
思念
4楼2007-12-02 10:50:35
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