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汕头大学海洋科学接受调剂
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csfn

荣誉版主 (知名作家)


[资源] 【表面模拟】关于castep计算的几个问题

CODE:
3个问题:
1 计算表面过程中,计算成功,但是castep结果中提示
------------------------------------------------------------------------ <-- SCF
SCF loop      Energy           Fermi           Energy gain       Timer   <-- SCF
                               energy          per atom          (sec)   <-- SCF
------------------------------------------------------------------------ <-- SCF
Initial  -1.24983546E+004  5.76278315E+001                        55.44  <-- SCF
      1  -1.59703259E+004 -1.69750335E+000   2.89330938E+002     197.97  <-- SCF
Warning: There are no empty bands for at least one kpoint and spin; this may slow the convergence and/or lead to an inaccurate groundstate. If this warning persists, you should consider increasing nextra_bands and/or reducing smearing_width in the param file. Recommend using nextra_bands of 11 to 24.                             
        2  -1.62762609E+004 -6.23532889E+000   2.54945870E+001     356.62  <-- SCF
Warning: There are no empty bands for at least one kpoint and spin; this may slow the convergence and/or lead to an inaccurate groundstate. If this warning persists, you should consider increasing nextra_bands and/or reducing smearing_width in the param file.Recommend using nextra_bands of 11 to 24.   
2  要在表面上吸附小分子,如H2 ,或者CO,可以选择不同的位置,比如top, bridge, 等,但是如何确定具体每个原子的position? 直接根据原子半径按照几何知识来计算吗?另外在计算表面吸附total energy的时候,是否选择上"optimized cell" ?
如果不选择,就应该是每个原子的位置保持固定,那么如何知道所确定的吸附原子的位置是对的呢?
3 进行计算时选择上"spin polarized", 对于不同元素,其参数如何设置?"initial pin"和"charge"。

CODE:
第一个问题:
大家回答的差不多。你的结果肯定是有问题的,必须要调试到没这个警告出现。增加bands的做法不是很可靠,最好是调整smearing,怎么调?最好的方法是测试,就是大小都调。不过你这里提示是要你减小这个数值,可以一试。
第二个问题:
1,每个位置都要算,通过能量高低判断最佳吸附位置。对于分子可能有多种组合的位置,都要计算,不过最好参考下文献,一般是在高对称点咯!推荐下,计算的时候固定xy坐标,保持高度变化就ok!
2,根绝原子半径判断,呵呵,在表面就不要考虑,如果你考虑他可能吸附到体内去,比如那里是fcc位置,有一个洞,那是可以考虑原子半径。因为半径大了,那个洞容不下他肯定不会进去咯。不过你把他放到洞里算下就知道哒。一般是用吸附能判断,吸附能为正就是可以吸附,为负不吸附。不过吸附能定义的计算方法要搞正确就是。吸附能定义为吸附前后物质总能量的变化,是结合能的反数,也就是吸附体系的能量减去清洁表面的能量,再减去被吸附物质的能量。
3,是否选择“optimized cell”
一般的体系都可以不选择,选择上了计算量增大太多。如果不选择,也不是位置固定。只是那个合子,或者说整体的体积和外形不变化而已。我是这样的理解的!
4,怎么模拟表面
一般来说计算表面吸附是不会固定下面的基地的,固定了可信度小,发出去自己也没底气。^_^一般采用的2种办法,一种是楼上说的,固定的最下面层,然后上面和吸附原子接触的就relax,这个是相当于只考虑一个表面。固定的层数对半开。第二种方法是不固定层数,选择很大的层数,或者选择小一点的层数,固定中间层数,两面的原子层数不固定,这个就是有两个表面的情况。还有少数是全部固定原子层数。对于楼主来说,castep要固定的话,肯定在你计算的时候你选择的任务是只算能量,我估计你应该是选择了结构优化,所以我想你是没固定原子位置的。
第三个问题:
选择自旋极化,推荐采用默认设置。正常情况下,都会收敛到比较合理的值。除非自己了解很透彻,再自定义。

[ Last edited by csfn on 2007-12-2 at 17:51 ]
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kissgoodbye

金虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

初学,感觉受益匪浅
4楼2007-12-23 04:32:41
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csfn

荣誉版主 (知名作家)




最后欢迎大家多多光临物理版,系列有奖活动等待大家
做计算的虫子将会在那里等待大家一起交流探讨




[ Last edited by csfn on 2007-11-29 at 09:12 ]
2楼2007-11-29 09:10:11
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