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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 我是真的想哭了。建模方面求助。
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lijiao_112

铜虫 (小有名气)

[求助] 我是真的想哭了。建模方面求助。

从无机晶体数据库里导入晶体模型，没有氢原子。于是我尝试手动加H，然后总也优化不成功。这个晶体方面文献较少，我也摸不准氢原子的位置。这个问题拖了很长时间了。应该怎么办呢？
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咬得菜根，百事可做。
1楼 2013-09-23 17:30:15
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lijiao_112

铜虫 (小有名气)
lijiao_112: 回帖置顶 2013-09-24 16:22:05
引用回帖:
3楼: Originally posted by emilyoyang at 2013-09-23 18:38:44
信息量太少。。。无法解答。。。至少应该把问题帖上来吧

*data for   ICSD #16583
Coll Code   16583
Rec  Date   1980/01/01
Mod  Date   1999/06/02
Chem Name   Pentazinc Hexahydroxide Carbonate
Structured  Zn5 (O H)6 (C O3)2
Sum         C2 H6 O12 Zn5
ANX         A2B5X12
Min Name    Hydrozincite
D(calc)     3.94
Title       The crystal structure of hydrozincite, Zn6 (O H)6 (C O3)2
Author(s)   Ghose, S.
Reference   Acta Crystallographica (1,1948-23,1967)
            (1964), 17, 1051-1057
Unit Cell   13.62 6.3 5.42 90. 95.83 90.
Vol         462.66
Z           2
Space Group C 1 2/m 1
SG Number   12
Cryst Sys   monoclinic
Pearson     mS50
Wyckoff     j i6 h a
R Value     .16
Red Cell    C  5.42 6.3 7.503 114.823 95.289 89.999 231.332
Trans Red   0.000 0.000 1.000 / 0.000 -1.000 0.000 / 0.500 0.500 0.000
Comments    Compound with mineral name: Hydrozincite
            The structure has been assigned a PDF number (calculated
            powder diffraction data): 01-072-1100
            The structure has been assigned a PDF number (experimental
            powder diffraction data): 19-1458
            X-ray diffraction from single crystal
            Unusual difference between calculated and measured density
            Position of 12 Elements of H Are Undetermined.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H        ITF(B)   
Zn   1  +2    2 a   0           0           0              1.         0            0.59
Zn   2  +2    4 h   0           0.263(1)    0.5            1.         0            0.56
Zn   3  +2    4 i   0.1290(3)   0.5         0.038(1)       1.         0            0.67
C    1  +4    4 i   0.322(4)    0.5         0.309(9)       1.         0             0.9
O    1  -2    4 i   0.421(3)    0.5         0.318(7)       1.         0            0.69
O    2  -2    4 i   0.266(3)    0.5         0.069(7)       1.         0              1.
O    3  -2    4 i   0.275(3)    0.5         0.500(7)       1.         0             0.9
O    4  -2    4 i   0.410(3)    0           0.324(7)       1.         H1           0.81
O    5  -2    8 j   0.078(3)    0.245(6)    0.198(7)       1.         H1           0.81
*end for    ICSD #16583
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咬得菜根，百事可做。
10楼2013-09-24 09:19:20
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lijiao_112

铜虫 (小有名气)
lijiao_112: 回帖置顶 2013-09-24 10:35:21
引用回帖:
11楼: Originally posted by sunboyccc at 2013-09-24 09:54:04
周期性的晶体，没有悬挂键，你把氢原子加在哪了，不会是硬生生加上的，看到模型上有支出来的键就加上了吧，呵呵，连掺杂都算不上，自然算失败了。
必须有真空层，有悬挂键，才能吸附，也不知道理解的对不，呵呵，错 ...

我不是做吸附的。因为物质本来就有OH么，所以我就在O上加氢了。我是想做同晶取代方面的。
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咬得菜根，百事可做。
12楼2013-09-24 10:11:06
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ahehyh

木虫 (正式写手)

过客

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖！ 2013-09-25 20:16:04
lijiao_112: 回帖置顶 2013-09-26 10:17:32
MS里有自动加氢原子的功能，不用自己手动加的，加上氢原子后，用力场粗优化一下，然后再进行量子化学方法优化
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我是天空的一片云
16楼2013-09-25 18:54:21
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lijiao_112

铜虫 (小有名气)
lijiao_112: 回帖置顶 2013-09-29 10:18:52
引用回帖:
16楼: Originally posted by ahehyh at 2013-09-25 18:54:21
MS里有自动加氢原子的功能，不用自己手动加的，加上氢原子后，用力场粗优化一下，然后再进行量子化学方法优化

1、自动加氢加不上，我才手动加的。还有就是我手动加氢以后，再点自动加氢却发现，我加的几个氢原子却没了~会不会是这几个氢原子的位置不合理呢？
2、还有力场粗优化是用forcite吧~这个的作用是？我不太清除这块~
非常感谢关注和回复。
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咬得菜根，百事可做。
20楼2013-09-26 10:16:16
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lijiao_112

铜虫 (小有名气)
lijiao_112: 回帖置顶 2013-09-28 16:39:14
引用回帖:
23楼: Originally posted by pigrass at 2013-09-27 14:02:07
试试看这个结构是不是你要的 分子式对不对

我找到的原cif也是没有H原子，这个我自己加的

应该会需要进行结构优化再进行计算...

非常感谢关注与回复。我的处理方式与你类似。如果最后优化不成功，可以不加氢原子进行计算吗？
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咬得菜根，百事可做。
27楼2013-09-28 16:36:11
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普通回帖

zhaoerzheng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2013-09-23 20:55:35
什么物质的模型？说的具体点，容易解决。
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2楼2013-09-23 18:04:28
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2013-09-23 20:55:47
信息量太少。。。无法解答。。。至少应该把问题帖上来吧
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3楼2013-09-23 18:38:44
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apollotyq

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
identation: 金币+1, 谢谢回帖交流 2013-09-24 09:55:15
建模对象需要再描述具体点啊
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4楼2013-09-23 20:56:05
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hsl1987

金虫 (正式写手)
★
identation: 金币+1, 谢谢回帖交流 2013-09-24 09:55:28
我也觉得信息量太少了，我以前也建过一些模型做计算的。再具体一点吧。

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我就是我
5楼2013-09-23 23:39:48
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lijiao_112

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaoerzheng at 2013-09-23 18:04:28
什么物质的模型？说的具体点，容易解决。

水锌矿Zn5(OH)6(CO3)2。我从08版的无机晶体数据库导入的模型，但是不含H原子。
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咬得菜根，百事可做。
6楼2013-09-24 09:08:34
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lijiao_112

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaoerzheng at 2013-09-23 18:04:28
什么物质的模型？说的具体点，容易解决。

水锌矿Zn5(OH)6(CO3)2。我从08版的无机晶体数据库导入的模型，但是不含H原子。
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7楼2013-09-24 09:09:36
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lijiao_112

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by emilyoyang at 2013-09-23 18:38:44
信息量太少。。。无法解答。。。至少应该把问题帖上来吧

水锌矿Zn5(OH)6(CO3)2。我从08版的无机晶体数据库导入的模型，但是不含H原子。
谢谢关注~
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咬得菜根，百事可做。
8楼2013-09-24 09:09:52
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lijiao_112

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by apollotyq at 2013-09-23 20:56:05
建模对象需要再描述具体点啊

谢谢关注~水锌矿Zn5(OH)6(CO3)2。我从08版的无机晶体数据库导入的模型，但是不含H原子。
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9楼2013-09-24 09:10:19
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