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lijiao_112铜虫 (小有名气)
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我是真的想哭了。建模方面求助。
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从无机晶体数据库里导入晶体模型，没有氢原子。于是我尝试手动加H，然后总也优化不成功。这个晶体方面文献较少，我也摸不准氢原子的位置。这个问题拖了很长时间了。应该怎么办呢？ |
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lijiao_112: 回帖置顶 2013-09-24 16:22:05
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*data for ICSD #16583 Coll Code 16583 Rec Date 1980/01/01 Mod Date 1999/06/02 Chem Name Pentazinc Hexahydroxide Carbonate Structured Zn5 (O H)6 (C O3)2 Sum C2 H6 O12 Zn5 ANX A2B5X12 Min Name Hydrozincite D(calc) 3.94 Title The crystal structure of hydrozincite, Zn6 (O H)6 (C O3)2 Author(s) Ghose, S. Reference Acta Crystallographica (1,1948-23,1967) (1964), 17, 1051-1057 Unit Cell 13.62 6.3 5.42 90. 95.83 90. Vol 462.66 Z 2 Space Group C 1 2/m 1 SG Number 12 Cryst Sys monoclinic Pearson mS50 Wyckoff j i6 h a R Value .16 Red Cell C 5.42 6.3 7.503 114.823 95.289 89.999 231.332 Trans Red 0.000 0.000 1.000 / 0.000 -1.000 0.000 / 0.500 0.500 0.000 Comments Compound with mineral name: Hydrozincite The structure has been assigned a PDF number (calculated powder diffraction data): 01-072-1100 The structure has been assigned a PDF number (experimental powder diffraction data): 19-1458 X-ray diffraction from single crystal Unusual difference between calculated and measured density Position of 12 Elements of H Are Undetermined. Atom # OX SITE x y z SOF H ITF(B) Zn 1 +2 2 a 0 0 0 1. 0 0.59 Zn 2 +2 4 h 0 0.263(1) 0.5 1. 0 0.56 Zn 3 +2 4 i 0.1290(3) 0.5 0.038(1) 1. 0 0.67 C 1 +4 4 i 0.322(4) 0.5 0.309(9) 1. 0 0.9 O 1 -2 4 i 0.421(3) 0.5 0.318(7) 1. 0 0.69 O 2 -2 4 i 0.266(3) 0.5 0.069(7) 1. 0 1. O 3 -2 4 i 0.275(3) 0.5 0.500(7) 1. 0 0.9 O 4 -2 4 i 0.410(3) 0 0.324(7) 1. H1 0.81 O 5 -2 8 j 0.078(3) 0.245(6) 0.198(7) 1. H1 0.81 *end for ICSD #16583 |
10楼2013-09-24 09:19:20
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