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lijiao_112

铜虫 (小有名气)

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[求助] 我是真的想哭了。建模方面求助。

从无机晶体数据库里导入晶体模型，没有氢原子。于是我尝试手动加H，然后总也优化不成功。这个晶体方面文献较少，我也摸不准氢原子的位置。这个问题拖了很长时间了。应该怎么办呢？

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咬得菜根，百事可做。

1楼 2013-09-23 17:30:15

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回帖置顶 ( 共有5个 )

lijiao_112

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lijiao_112: 回帖置顶 2013-09-24 16:22:05

引用回帖:

3楼: Originally posted by emilyoyang at 2013-09-23 18:38:44
信息量太少。。。无法解答。。。至少应该把问题帖上来吧

*data for ICSD #16583
Coll Code 16583
Rec  Date 1980/01/01
Mod  Date 1999/06/02
Chem Name Pentazinc Hexahydroxide Carbonate
Structured  Zn5 (O H)6 (C O3)2
Sum       C2 H6 O12 Zn5
ANX       A2B5X12
Min Name Hydrozincite
D(calc)    3.94
Title    The crystal structure of hydrozincite, Zn6 (O H)6 (C O3)2
Author(s) Ghose, S.
Reference Acta Crystallographica (1,1948-23,1967)
         (1964), 17, 1051-1057
Unit Cell 13.62 6.3 5.42 90. 95.83 90.
Vol       462.66
Z          2
Space Group C 1 2/m 1
SG Number 12
Cryst Sys monoclinic
Pearson    mS50
Wyckoff    j i6 h a
R Value    .16
Red Cell C  5.42 6.3 7.503 114.823 95.289 89.999 231.332
Trans Red 0.000 0.000 1.000 / 0.000 -1.000 0.000 / 0.500 0.500 0.000
Comments Compound with mineral name: Hydrozincite
         The structure has been assigned a PDF number (calculated
         powder diffraction data): 01-072-1100
         The structure has been assigned a PDF number (experimental
         powder diffraction data): 19-1458
         X-ray diffraction from single crystal
         Unusual difference between calculated and measured density
         Position of 12 Elements of H Are Undetermined.
Atom  # OX SITE    x          y          z          SOF    H       ITF(B)
Zn 1  +2 2 a 0          0          0             1.       0          0.59
Zn 2  +2 4 h 0          0.263(1) 0.5          1.       0          0.56
Zn 3  +2 4 i 0.1290(3) 0.5       0.038(1)    1.       0          0.67
C 1  +4 4 i 0.322(4) 0.5       0.309(9)    1.       0          0.9
O 1  -2 4 i 0.421(3) 0.5       0.318(7)    1.       0          0.69
O 2  -2 4 i 0.266(3) 0.5       0.069(7)    1.       0             1.
O 3  -2 4 i 0.275(3) 0.5       0.500(7)    1.       0          0.9
O 4  -2 4 i 0.410(3) 0          0.324(7)    1.       H1          0.81
O 5  -2 8 j 0.078(3) 0.245(6) 0.198(7)    1.       H1          0.81
*end for ICSD #16583

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咬得菜根，百事可做。

10楼2013-09-24 09:19:20

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lijiao_112: 回帖置顶 2013-09-24 10:35:21

引用回帖:

11楼: Originally posted by sunboyccc at 2013-09-24 09:54:04
周期性的晶体，没有悬挂键，你把氢原子加在哪了，不会是硬生生加上的，看到模型上有支出来的键就加上了吧，呵呵，连掺杂都算不上，自然算失败了。
必须有真空层，有悬挂键，才能吸附，也不知道理解的对不，呵呵，错 ...

我不是做吸附的。因为物质本来就有OH么，所以我就在O上加氢了。我是想做同晶取代方面的。

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12楼2013-09-24 10:11:06

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