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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 我是真的想哭了。建模方面求助。
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sunboyccc

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
identation: 金币+3, 谢谢应助！ 2013-09-24 09:56:02
周期性的晶体，没有悬挂键，你把氢原子加在哪了，不会是硬生生加上的，看到模型上有支出来的键就加上了吧，呵呵，连掺杂都算不上，自然算失败了。
必须有真空层，有悬挂键，才能吸附，也不知道理解的对不，呵呵，错了多包涵
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11楼2013-09-24 09:54:04
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lijiao_112

铜虫 (小有名气)
lijiao_112: 回帖置顶 2013-09-24 10:35:21
引用回帖:
11楼: Originally posted by sunboyccc at 2013-09-24 09:54:04
周期性的晶体，没有悬挂键，你把氢原子加在哪了，不会是硬生生加上的，看到模型上有支出来的键就加上了吧，呵呵，连掺杂都算不上，自然算失败了。
必须有真空层，有悬挂键，才能吸附，也不知道理解的对不，呵呵，错 ...

我不是做吸附的。因为物质本来就有OH么，所以我就在O上加氢了。我是想做同晶取代方面的。
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咬得菜根，百事可做。
12楼2013-09-24 10:11:06
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sunboyccc

铁杆木虫 (正式写手)
内容已删除
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13楼2013-09-24 11:09:25
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lijiao_112

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by sunboyccc at 2013-09-24 11:09:25
不太了解你做的体系，但如果模型中本来就有O-H，就不用再加H啊，估计模型建构有问题...

是这样子的。从无机晶体数据库中导入的模型中没有氢，它说氢原子的位置没有确定。所以我才自己试着加氢的。但是总优化不成功~
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咬得菜根，百事可做。
14楼2013-09-24 11:35:37
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lijiao_112

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by sunboyccc at 2013-09-24 11:09:25
不太了解你做的体系，但如果模型中本来就有O-H，就不用再加H啊，估计模型建构有问题...

不知道你有没有晶体方面的数据库能帮忙查一个这个物质吗？Zn5(OH)6(CO3)2。很可能是我没有找全~
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咬得菜根，百事可做。
15楼2013-09-24 11:37:04
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ahehyh

木虫 (正式写手)

过客

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖！ 2013-09-25 20:16:04
lijiao_112: 回帖置顶 2013-09-26 10:17:32
MS里有自动加氢原子的功能，不用自己手动加的，加上氢原子后，用力场粗优化一下，然后再进行量子化学方法优化
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我是天空的一片云
16楼2013-09-25 18:54:21
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zhaoerzheng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖！ 2013-09-25 20:16:13
引用回帖:
10楼: Originally posted by lijiao_112 at 2013-09-24 09:19:20
*data for   ICSD #16583
Coll Code   16583
Rec  Date   1980/01/01
Mod  Date   1999/06/02
Chem Name   Pentazinc Hexahydroxide Carbonate
Structured  Zn5 (O H)6 (C O3)2
Sum         C2 H6 O12 Zn5
...

知道了晶胞参数和原子坐标，就可以自己建模了。
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17楼2013-09-25 19:12:01
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lq6865387

木虫 (著名写手)

有志成年

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖！ 2013-09-25 20:16:19
导入晶体.cif文件出问题了。 原子间距太小，以至于原子重叠，也不是不可能。
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Better Late Than Never
18楼2013-09-25 19:57:23
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lijiao_112

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by zhaoerzheng at 2013-09-25 19:12:01
知道了晶胞参数和原子坐标，就可以自己建模了。...

我现在是不知道H原子的坐标，所以不会建。MS里有个CCDC模块，你会用吗？我这个物质是hyrozinciteZn5 (O H)6 (C O3)2
.你能帮我搜一下吗？我这个模块貌似不能用啊~
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咬得菜根，百事可做。
19楼2013-09-26 10:07:27
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lijiao_112

铜虫 (小有名气)
lijiao_112: 回帖置顶 2013-09-29 10:18:52
引用回帖:
16楼: Originally posted by ahehyh at 2013-09-25 18:54:21
MS里有自动加氢原子的功能，不用自己手动加的，加上氢原子后，用力场粗优化一下，然后再进行量子化学方法优化

1、自动加氢加不上，我才手动加的。还有就是我手动加氢以后，再点自动加氢却发现，我加的几个氢原子却没了~会不会是这几个氢原子的位置不合理呢？
2、还有力场粗优化是用forcite吧~这个的作用是？我不太清除这块~
非常感谢关注和回复。
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咬得菜根，百事可做。
20楼2013-09-26 10:16:16
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