应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 文献解析 » platon 检查中的几个错误，请高手帮忙看看，谢谢！
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
131/2返回列表12下一页
查看: 851  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

jpzou

木虫 (正式写手)

[交流] platon 检查中的几个错误，请高手帮忙看看，谢谢！

432_ALERT_2_B Short Inter X...Y Contact  O25    ..  C16      =       2.91 Ang.
#===============================================================================
432_ALERT_2_C Short Inter X...Y Contact  O25    ..  C11      =       2.97 Ang.
764_ALERT_4_C Overcomplete CIF Bond list Detected (Rep/Expd) .       1.14 Ratio
790_ALERT_4_C Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd.  #          2
              H2 O
790_ALERT_4_C Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd.  #          3
              H2 O
790_ALERT_4_C Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd.  #          4
              O
#===============================================================================

这些错误怎么解决，谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2007-11-25 12:13:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemeuro

银虫 (正式写手)
check cif 下,看是几类错误
赞一下 回复此楼
2楼2007-11-25 14:46:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gujm516

金虫 (小有名气)
432_ALERT_2_B Short Inter X...Y Contact  O25    ..  C16      =       2.91 Ang.
432_ALERT_2_C Short Inter X...Y Contact  O25    ..  C11      =       2.97 Ang.
可以用距离约束的办法

764_ALERT_4_C Overcomplete CIF Bond list Detected (Rep/Expd) .       1.14 Ratio
可能BOND列表有重复

790_ALERT_4_C Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd.  #          2
              H2 O
790_ALERT_4_C Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd.  #          3
              H2 O
790_ALERT_4_C Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd.  #          4
              O
说明这些原子不在同一分子套里，把他们平移进来就可以了。
赞一下 回复此楼
3楼2007-11-25 21:43:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jpzou

木虫 (正式写手)
楼上的兄弟，前面两个错误我知道是氢键的问题，但不是你所说的那么简单的问题。在ins文件中加入htab命令以及通过platon软件找氢键的方法都没找到这两个氢键，但是检查出现上述错误，不知何原因。
对于错误764_ALERT_4_C为什么会产生呢，能告诉我原因和解决办法吗？
另外最后三个错误用简单的平移命令能解决吗？
望告知，谢谢！
赞一下 回复此楼
4楼2007-11-25 23:18:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lizuoxi

金虫 (正式写手)
没有找到氢键，是否没有加氢？
赞一下 回复此楼
5楼2007-11-25 23:25:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jpzou

木虫 (正式写手)
那肯定是加氢了，大家帮帮忙找找原因，谢谢。
赞一下 回复此楼
6楼2007-11-26 08:22:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gujm516

金虫 (小有名气)
1. 那是堆积时的空间位阻造成的，没有办法解决。且程序不认为这是氢键，因此用程序是找不到氢键的，你可以在comment里面说明。

2. 对于764_ALERT_4_C，你再检查一下BOND列表，看看有没有类似O1-C1、C1-O1之类的重复，如有则删掉一组就可以了。

3. 前面已经说明，790_ALERT_4_C表示分子不在同一套里，简单平移就能解决问题的。
赞一下 回复此楼
7楼2007-11-26 08:38:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

douvei

金虫 (正式写手)
gujm516，佩服
严重支持
赞一下 回复此楼
欢迎访问无机超分子论坛： http://15151.5d6d.com/ 晶体解析/软件下载/超分子配位化学-应有尽有！！！ 晶体论坛小木虫博客 http://blog.emuch.net/134386/
8楼2007-11-26 09:19:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jpzou

木虫 (正式写手)
七楼的兄弟，我的结构空间群为p－1，怎么移动才能消除以上的错误呢（具体命令如何输入），谢谢！
赞一下 回复此楼
9楼2007-11-29 11:04:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jpzou

木虫 (正式写手)
在单胞中原子的位置分别为：
O1W$1: 0.156, 0.697, 0.241
O1W1$2: 0.156, 0.697, 0.759
O2W$1: 0.435, 0.618, 0.012
O2W$2: 0.435, 0.618, 1.012
O2W$3: 0.566, 0.382, -0.012
O2W$4: 0.566, 0.382, 0.988
O3W$1: 0.82, 0.548, 0.122
O3W$2: 0.82, 0.548, 1.122
O3W$3: 0.18, 0.452, 0.878
O3W$4: 0.18, 0.452, -0.122
赞一下 回复此楼
10楼2007-11-29 11:11:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jpzou 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 请问共同通讯和共同一作的认可度问题 10+5 psa1234 2026-04-01 11/550 2026-04-07 16:57 by caiqing
[考研] 一志愿哈工大，初试329，求环境科学与工程调剂！ +10 余未辛 2026-04-06 10/500 2026-04-07 15:44 by 上岸快快
[论文投稿] Decision: Revise for Editor还会送审吗 100+3 CccccccccFD 2026-04-04 5/250 2026-04-07 10:58 by 北京莱茵润色
[考研] 266分，一志愿电气工程，本科材料，求材料专业调剂 +12 哇呼哼呼哼 2026-04-01 13/650 2026-04-07 10:02 by zhen～
[考研] 307求调剂 +3 Youth@@ 2026-04-07 3/150 2026-04-07 09:25 by 小黑不怕难
[考研] 一志愿河北工业大学材料工程，初试344求专硕调剂 +6 15933906766 2026-04-05 6/300 2026-04-06 13:21 by 无际的草原
[考研] 0703化学调剂325分 +12 15771691647 2026-04-04 13/650 2026-04-06 12:00 by lijunpoly
[考研] 302分 085601求调剂推荐 +11 zyx上岸！ 2026-04-05 11/550 2026-04-05 22:13 by dongzh2009
[考研] 348求调剂 +3 车厘子zzz 2026-04-05 3/150 2026-04-05 20:30 by 啵啵啵0119
[考研] 322求调剂 +3 嗯哼哼恒 2026-04-05 3/150 2026-04-05 19:52 by nepu_uu
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +10 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-04 10/500 2026-04-05 18:51 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿上海海洋大学083200食品学硕，求调剂，接受其他专业083200 +4 what张 2026-04-04 5/250 2026-04-05 14:07 by chw1980_0
[考研] 一志愿江南大学085501机械工程专硕326分，本科佳木斯大学 +5 顾若浮生 2026-04-03 9/450 2026-04-05 09:57 by 1753564080
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-02 13/650 2026-04-04 20:49 by 蓝云思雨
[考研] 22408，264求调剂 +3 ywh729 2026-04-03 4/200 2026-04-04 11:04 by ywh729
[考研] 材料科学与工程考研 +10 拯救皮特托先生 2026-04-02 10/500 2026-04-03 23:57 by userper
[考研] 调剂 +5 asdasdassda 2026-04-03 6/300 2026-04-03 20:27 by 岸上的一条鱼
[考研] 298求B区调剂 +4 zzz，，r 2026-04-02 5/250 2026-04-02 12:17 by 土木硕士招生
[考研] 材料求调剂 +10 呢呢妮妮 2026-04-01 13/650 2026-04-02 09:17 by olim
[考研] 318求调剂 +8 七忆77 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:37 by Jaylen.
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭