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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 文献解析 » platon 检查中的几个错误，请高手帮忙看看，谢谢！
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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jpzou

木虫 (正式写手)

[交流] platon 检查中的几个错误，请高手帮忙看看，谢谢！

432_ALERT_2_B Short Inter X...Y Contact  O25    ..  C16      =       2.91 Ang.
#===============================================================================
432_ALERT_2_C Short Inter X...Y Contact  O25    ..  C11      =       2.97 Ang.
764_ALERT_4_C Overcomplete CIF Bond list Detected (Rep/Expd) .       1.14 Ratio
790_ALERT_4_C Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd.  #          2
              H2 O
790_ALERT_4_C Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd.  #          3
              H2 O
790_ALERT_4_C Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd.  #          4
              O
#===============================================================================

这些错误怎么解决，谢谢！
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1楼 2007-11-25 12:13:29
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chemeuro

银虫 (正式写手)
check cif 下,看是几类错误
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2楼2007-11-25 14:46:36
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gujm516

金虫 (小有名气)
432_ALERT_2_B Short Inter X...Y Contact  O25    ..  C16      =       2.91 Ang.
432_ALERT_2_C Short Inter X...Y Contact  O25    ..  C11      =       2.97 Ang.
可以用距离约束的办法

764_ALERT_4_C Overcomplete CIF Bond list Detected (Rep/Expd) .       1.14 Ratio
可能BOND列表有重复

790_ALERT_4_C Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd.  #          2
              H2 O
790_ALERT_4_C Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd.  #          3
              H2 O
790_ALERT_4_C Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd.  #          4
              O
说明这些原子不在同一分子套里，把他们平移进来就可以了。
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3楼2007-11-25 21:43:43
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jpzou

木虫 (正式写手)
楼上的兄弟，前面两个错误我知道是氢键的问题，但不是你所说的那么简单的问题。在ins文件中加入htab命令以及通过platon软件找氢键的方法都没找到这两个氢键，但是检查出现上述错误，不知何原因。
对于错误764_ALERT_4_C为什么会产生呢，能告诉我原因和解决办法吗？
另外最后三个错误用简单的平移命令能解决吗？
望告知，谢谢！
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4楼2007-11-25 23:18:26
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lizuoxi

金虫 (正式写手)
没有找到氢键，是否没有加氢？
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5楼2007-11-25 23:25:54
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jpzou

木虫 (正式写手)
那肯定是加氢了，大家帮帮忙找找原因，谢谢。
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6楼2007-11-26 08:22:48
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gujm516

金虫 (小有名气)
1. 那是堆积时的空间位阻造成的，没有办法解决。且程序不认为这是氢键，因此用程序是找不到氢键的，你可以在comment里面说明。

2. 对于764_ALERT_4_C，你再检查一下BOND列表，看看有没有类似O1-C1、C1-O1之类的重复，如有则删掉一组就可以了。

3. 前面已经说明，790_ALERT_4_C表示分子不在同一套里，简单平移就能解决问题的。
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7楼2007-11-26 08:38:52
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douvei

金虫 (正式写手)
gujm516，佩服
严重支持
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欢迎访问无机超分子论坛： http://15151.5d6d.com/ 晶体解析/软件下载/超分子配位化学-应有尽有！！！ 晶体论坛小木虫博客 http://blog.emuch.net/134386/
8楼2007-11-26 09:19:34
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jpzou

木虫 (正式写手)
七楼的兄弟，我的结构空间群为p－1，怎么移动才能消除以上的错误呢（具体命令如何输入），谢谢！
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9楼2007-11-29 11:04:23
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jpzou

木虫 (正式写手)
在单胞中原子的位置分别为：
O1W$1: 0.156, 0.697, 0.241
O1W1$2: 0.156, 0.697, 0.759
O2W$1: 0.435, 0.618, 0.012
O2W$2: 0.435, 0.618, 1.012
O2W$3: 0.566, 0.382, -0.012
O2W$4: 0.566, 0.382, 0.988
O3W$1: 0.82, 0.548, 0.122
O3W$2: 0.82, 0.548, 1.122
O3W$3: 0.18, 0.452, 0.878
O3W$4: 0.18, 0.452, -0.122
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10楼2007-11-29 11:11:20
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