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fhj1027兑换贵宾
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npt后为什么压强平均值一直达不到设定值1bar？
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我模拟的是蚕丝蛋白质在水溶液中的二级结构的变化。在nvt后温度达到300K，但是做npt时，压强平均值一直达不到设定的1bar。 这是我的npt.mdp文件，求高人指点。 其中计算时间是100ps时，压强为-15bar，200ps后为-8bar，但是1000ps后，压强依然为-8bar左右。与200ps时差别不大。 define = -DPOSRES ; position restrain the protein ; Run parameters integrator = md ; leap-frog integrator nsteps = 500000 ; 2 * 50000 = 1000 ps dt = 0.002 ; 2 fs ; Output control nstxout = 1000 ; save coordinates every 2 ps nstvout = 1000 ; save velocities every 2 ps nstenergy = 1000 ; save energies every 2 ps nstlog = 1000 ; update log file every 2 ps ; Bond parameters continuation = yes ; Restarting after NVT constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints constraints = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS lincs_order = 4 ; also related to accuracy ; Neighborsearching ns_type = grid ; search neighboring grid cells nstlist = 5 ; 10 fs rlist = 1.0 ; short-range neighborlist cutoff (in nm) rcoulomb = 1.0 ; short-range electrostatic cutoff (in nm) rvdw = 1.0 ; short-range van der Waals cutoff (in nm) ; Electrostatics coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics pme_order = 4 ; cubic interpolation fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT ; Temperature coupling is on tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat tc-grps = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps ref_t = 300 300 ; reference temperature, one for each group, in K ; Pressure coupling is on pcoupl = Parrinello-Rahman ; Pressure coupling on in NPT pcoupltype = isotropic ; uniform scaling of box vectors tau_p = 2.0 ; time constant, in ps ref_p = 1.0 ; reference pressure, in bar compressibility = 4.5e-5 ; isothermal compressibility of water, bar^-1 refcoord_scaling = com ; Periodic boundary conditions pbc = xyz ; 3-D PBC ; Dispersion correction DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme ; Velocity generation gen_vel = no ; Velocity generation is off |
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2楼2013-09-18 16:02:35
fhj1027
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3楼2013-09-22 09:50:20
4楼2013-09-22 10:15:43
fhj1027
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太感谢您的回复了，真的让我有迷航看到灯塔的感觉。 “你的模拟体系有什么特殊的要求吗？” 我的模拟体系没有特殊要求 “为什么不用长方体的盒子呢？又是周期边界条件的话，长方体最简单的模拟啊” 我是刚刚开始学习gromacs的，一直做得Justin在网上的例题。看到他建议用正十二面体，说是计算量会小一些。所以我也就选择了正十二面体。 “还有如果你用正六面体的模拟盒子，最好保持xy平面不变化，只调节z方向的长度。” 请问这个怎么设置呢？是修改Pcoupltype这一项为semiisotropic吗？ “压强的波动本来就很大的，从你的帖子里看不到模拟体系的大小，而且你的模拟时间太短，你至少模拟到10 ns 之后再看吧” 我现在选择了正六面体，模拟了100ps后，压强平均值为6.2bar。我现在修改为1000ps了，正在计算，希望结果能好一些 |
5楼2013-09-22 13:03:55
6楼2013-09-22 14:08:57
