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sageyaya

新虫 (初入文坛)

[求助] 想构建DNA3D结构模型,是四链的,有相关模拟软件么?

我是做生化的,对于模拟这一块什么都不懂,找了很多软件想做小分子与DNA之间的对接模拟,不是软件装不上就是太难不会用,好不容易找到一个同学装上了SYBYL,却发现我只有小分子的PDB文件,DNA的不全,在数据库里面也没有,所以问问什么软件可以模拟啊?
我找了HYPERCHEM, DTMM,最好免费好用的!
谢谢大家!
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sageyaya

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by childsliu at 2013-09-16 16:06:27
四联体结构我不太了解 是指四个单链联合在一起? 原则上,你可以进行修改 甚至于你手工搭建模型也可以 但是要对你的模型结构进行优化和验证 确保其是可以使用的
...

那么怎么修改呢?我昨晚又找到一个可以用的PDB文件,但是他是已经和别的配体一块的文件,我可以把他单个拿出来么?怎么拿?
5楼2013-09-17 19:18:13
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
如果你只是想要DNA结构模型的话,你可以参考下如下链接:
http://structure.usc.edu/make-na/server.html
http://rutchem.rutgers.edu/~xiangjun/3DNA/index.html

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

下苦功,三个字,一个叫下,一个叫苦,一个叫功,一定要振作精神,下苦功。
2楼2013-09-15 21:53:39
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sageyaya

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by childsliu at 2013-09-15 21:53:39
如果你只是想要DNA结构模型的话,你可以参考下如下链接:
http://structure.usc.edu/make-na/server.html
http://rutchem.rutgers.edu/~xiangjun/3DNA/index.html

谢谢,我看了一下,是这样的,我的DNA是单链的,大约20-40bp不等,但是想要做的模型是一个四联体结构,我看服务器上给的模型只有A,B,SB,是不是不能做啊?

或者我还想是不是可以把Pdb数据库里类似的模型拿来修改一下呢?不知道怎么使用?
3楼2013-09-16 13:37:52
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by sageyaya at 2013-09-16 13:37:52
谢谢,我看了一下,是这样的,我的DNA是单链的,大约20-40bp不等,但是想要做的模型是一个四联体结构,我看服务器上给的模型只有A,B,SB,是不是不能做啊?

或者我还想是不是可以把Pdb数据库里类似的模型拿来修改 ...

四联体结构我不太了解 是指四个单链联合在一起? 原则上,你可以进行修改 甚至于你手工搭建模型也可以 但是要对你的模型结构进行优化和验证 确保其是可以使用的

[ 发自小木虫客户端 ]
下苦功,三个字,一个叫下,一个叫苦,一个叫功,一定要振作精神,下苦功。
4楼2013-09-16 16:06:27
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