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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 想构建DNA3D结构模型，是四链的，有相关模拟软件么？
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sageyaya

新虫 (初入文坛)

[求助] 想构建DNA3D结构模型，是四链的，有相关模拟软件么？

我是做生化的，对于模拟这一块什么都不懂，找了很多软件想做小分子与DNA之间的对接模拟，不是软件装不上就是太难不会用，好不容易找到一个同学装上了SYBYL，却发现我只有小分子的PDB文件，DNA的不全，在数据库里面也没有，所以问问什么软件可以模拟啊？
我找了HYPERCHEM, DTMM，最好免费好用的!
谢谢大家！
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1楼2013-09-13 16:48:34
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childsliu

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二当家的

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果你只是想要DNA结构模型的话，你可以参考下如下链接：
http://structure.usc.edu/make-na/server.html
http://rutchem.rutgers.edu/~xiangjun/3DNA/index.html
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sageyaya
下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
2楼2013-09-15 21:53:39
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sageyaya

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by childsliu at 2013-09-15 21:53:39
如果你只是想要DNA结构模型的话，你可以参考下如下链接：
http://structure.usc.edu/make-na/server.html
http://rutchem.rutgers.edu/~xiangjun/3DNA/index.html

谢谢，我看了一下，是这样的，我的DNA是单链的，大约20-40bp不等，但是想要做的模型是一个四联体结构，我看服务器上给的模型只有A,B,SB，是不是不能做啊？

或者我还想是不是可以把Pdb数据库里类似的模型拿来修改一下呢？不知道怎么使用？
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3楼2013-09-16 13:37:52
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childsliu

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二当家的

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by sageyaya at 2013-09-16 13:37:52
谢谢，我看了一下，是这样的，我的DNA是单链的，大约20-40bp不等，但是想要做的模型是一个四联体结构，我看服务器上给的模型只有A,B,SB，是不是不能做啊？

或者我还想是不是可以把Pdb数据库里类似的模型拿来修改 ...

四联体结构我不太了解 是指四个单链联合在一起？ 原则上，你可以进行修改 甚至于你手工搭建模型也可以 但是要对你的模型结构进行优化和验证 确保其是可以使用的

[ 发自小木虫客户端 ]
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
4楼2013-09-16 16:06:27
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sageyaya

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by childsliu at 2013-09-16 16:06:27
四联体结构我不太了解 是指四个单链联合在一起？ 原则上，你可以进行修改 甚至于你手工搭建模型也可以 但是要对你的模型结构进行优化和验证 确保其是可以使用的
...

那么怎么修改呢？我昨晚又找到一个可以用的PDB文件，但是他是已经和别的配体一块的文件，我可以把他单个拿出来么？怎么拿？
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5楼2013-09-17 19:18:13
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childsliu

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二当家的

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by sageyaya at 2013-09-17 19:18:13
那么怎么修改呢？我昨晚又找到一个可以用的PDB文件，但是他是已经和别的配体一块的文件，我可以把他单个拿出来么？怎么拿？...

用记事本打开pdb文件，把配体有关的坐标删了就行了
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
6楼2013-09-17 20:05:17
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