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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 有没有人懂有关酶的热稳定性的分子动力学模拟，好像有什么salt bridge、 RMSF什么的
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JAYWEN书生

银虫 (小有名气)

[求助] 有没有人懂有关酶的热稳定性的分子动力学模拟，好像有什么salt bridge、 RMSF什么的

酶的热稳定性的分子动力学模拟，文献能看懂，感觉操作起来好麻烦，要用到RMSF/salt bridge什么的，我的酶的模型与模板的相似性只有百分之十几，也不知能不能往后做，求指导
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1楼 2013-09-10 12:42:43
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JAYWEN书生

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-09-14 23:36:34
百分之十几太低了吧，自己去做个表达纯化结晶，做个结构出来吧

那岂不是很悲催……
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3楼2013-09-16 09:51:56
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

百分之十几太低了吧，自己去做个表达纯化结晶，做个结构出来吧

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我还年轻，我要上路！
2楼2013-09-14 23:36:34
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by JAYWEN书生 at 2013-09-16 09:51:56
那岂不是很悲催……...

百分之十几的概率我是觉得有点低，见过百分之三四十使用的，没见过这么低的。你看看模拟出来之后的E值，太高了肯定不行
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我还年轻，我要上路！
4楼2013-09-16 10:05:50
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JAYWEN书生

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-09-16 10:05:50
百分之十几的概率我是觉得有点低，见过百分之三四十使用的，没见过这么低的。你看看模拟出来之后的E值，太高了肯定不行...

我这个是细菌里扩展的一个酶基因，跟人的基因相似性达到百分之20，但是跟植物的只有百分之18，之前有用SWISS-MODEL做过同源建模，因相似性低有警告，然后根据B值软件测其柔性区域，最近突了两个点，每个点三次突变，今天测活性基本属于没有活性…………如果结构模型不行，这理性设计是不是就进行不下去了啊……
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5楼2013-09-16 20:22:19
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