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JAYWEN书生

银虫 (小有名气)

[求助] 有没有人懂有关酶的热稳定性的分子动力学模拟,好像有什么salt bridge、 RMSF什么的

酶的热稳定性的分子动力学模拟,文献能看懂,感觉操作起来好麻烦,要用到RMSF/salt bridge什么的,我的酶的模型与模板的相似性只有百分之十几,也不知能不能往后做,求指导
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

百分之十几太低了吧,自己去做个表达纯化结晶,做个结构出来吧

[ 发自小木虫客户端 ]
我还年轻,我要上路!
2楼2013-09-14 23:36:34
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JAYWEN书生

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-09-14 23:36:34
百分之十几太低了吧,自己去做个表达纯化结晶,做个结构出来吧

那岂不是很悲催……
3楼2013-09-16 09:51:56
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by JAYWEN书生 at 2013-09-16 09:51:56
那岂不是很悲催……...

百分之十几的概率我是觉得有点低,见过百分之三四十使用的,没见过这么低的。你看看模拟出来之后的E值,太高了肯定不行
我还年轻,我要上路!
4楼2013-09-16 10:05:50
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JAYWEN书生

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-09-16 10:05:50
百分之十几的概率我是觉得有点低,见过百分之三四十使用的,没见过这么低的。你看看模拟出来之后的E值,太高了肯定不行...

我这个是细菌里扩展的一个酶基因,跟人的基因相似性达到百分之20,但是跟植物的只有百分之18,之前有用SWISS-MODEL做过同源建模,因相似性低有警告,然后根据B值软件测其柔性区域,最近突了两个点,每个点三次突变,今天测活性基本属于没有活性…………如果结构模型不行,这理性设计是不是就进行不下去了啊……
5楼2013-09-16 20:22:19
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
JAYWEN书生: 金币+2, 有帮助 2013-09-17 12:29:00
引用回帖:
5楼: Originally posted by JAYWEN书生 at 2013-09-16 20:22:19
我这个是细菌里扩展的一个酶基因,跟人的基因相似性达到百分之20,但是跟植物的只有百分之18,之前有用SWISS-MODEL做过同源建模,因相似性低有警告,然后根据B值软件测其柔性区域,最近突了两个点,每个点三次突变 ...

没有模板挺麻烦的。做做半理性设计嘛

[ 发自小木虫客户端 ]
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6楼2013-09-17 07:47:29
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koalabear8655

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

相似性只有十几确实同源建模可靠性确定不高,不知道你的蛋白质有多大。有没有试过ITASSER 在线server的建模 http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/
你可以投个任务,然后看看结果,比较你之前的模型看看。不过感觉没晶体真心不好往后做动力学。。不靠谱的因素太多
7楼2013-09-17 10:13:15
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JAYWEN书生

银虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by koalabear8655 at 2013-09-17 10:13:15
相似性只有十几确实同源建模可靠性确定不高,不知道你的蛋白质有多大。有没有试过ITASSER 在线server的建模 http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/
你可以投个任务,然后看看结果,比较你之前的模型看看。 ...

试过ITASSER,可是不知道怎么分析,做晶体是不是很惨!??
8楼2013-09-17 12:17:43
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JAYWEN书生

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-09-17 07:47:29
没有模板挺麻烦的。做做半理性设计嘛
...

我们实验室一个师姐做的非理性设计,让我做理性设计,觉得没模板没法往下进行……
9楼2013-09-17 12:18:57
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by JAYWEN书生 at 2013-09-17 12:18:57
我们实验室一个师姐做的非理性设计,让我做理性设计,觉得没模板没法往下进行……...

去做个蛋白结晶三维结构吧
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10楼2013-09-17 12:26:34
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