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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 有没有人懂有关酶的热稳定性的分子动力学模拟，好像有什么salt bridge、 RMSF什么的
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JAYWEN书生

银虫 (小有名气)

[求助] 有没有人懂有关酶的热稳定性的分子动力学模拟，好像有什么salt bridge、 RMSF什么的

酶的热稳定性的分子动力学模拟，文献能看懂，感觉操作起来好麻烦，要用到RMSF/salt bridge什么的，我的酶的模型与模板的相似性只有百分之十几，也不知能不能往后做，求指导
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1楼 2013-09-10 12:42:43
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

百分之十几太低了吧，自己去做个表达纯化结晶，做个结构出来吧

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2楼2013-09-14 23:36:34
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JAYWEN书生

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-09-14 23:36:34
百分之十几太低了吧，自己去做个表达纯化结晶，做个结构出来吧

那岂不是很悲催……
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3楼2013-09-16 09:51:56
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by JAYWEN书生 at 2013-09-16 09:51:56
那岂不是很悲催……...

百分之十几的概率我是觉得有点低，见过百分之三四十使用的，没见过这么低的。你看看模拟出来之后的E值，太高了肯定不行
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4楼2013-09-16 10:05:50
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JAYWEN书生

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-09-16 10:05:50
百分之十几的概率我是觉得有点低，见过百分之三四十使用的，没见过这么低的。你看看模拟出来之后的E值，太高了肯定不行...

我这个是细菌里扩展的一个酶基因，跟人的基因相似性达到百分之20，但是跟植物的只有百分之18，之前有用SWISS-MODEL做过同源建模，因相似性低有警告，然后根据B值软件测其柔性区域，最近突了两个点，每个点三次突变，今天测活性基本属于没有活性…………如果结构模型不行，这理性设计是不是就进行不下去了啊……
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5楼2013-09-16 20:22:19
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
JAYWEN书生: 金币+2, ★有帮助 2013-09-17 12:29:00
引用回帖:
5楼: Originally posted by JAYWEN书生 at 2013-09-16 20:22:19
我这个是细菌里扩展的一个酶基因，跟人的基因相似性达到百分之20，但是跟植物的只有百分之18，之前有用SWISS-MODEL做过同源建模，因相似性低有警告，然后根据B值软件测其柔性区域，最近突了两个点，每个点三次突变 ...

没有模板挺麻烦的。做做半理性设计嘛

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6楼2013-09-17 07:47:29
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koalabear8655

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

相似性只有十几确实同源建模可靠性确定不高，不知道你的蛋白质有多大。有没有试过ITASSER 在线server的建模　http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/
你可以投个任务，然后看看结果，比较你之前的模型看看。不过感觉没晶体真心不好往后做动力学。。不靠谱的因素太多
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7楼2013-09-17 10:13:15
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JAYWEN书生

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by koalabear8655 at 2013-09-17 10:13:15
相似性只有十几确实同源建模可靠性确定不高，不知道你的蛋白质有多大。有没有试过ITASSER 在线server的建模　http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/
你可以投个任务，然后看看结果，比较你之前的模型看看。 ...

试过ITASSER，可是不知道怎么分析，做晶体是不是很惨！？？
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8楼2013-09-17 12:17:43
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JAYWEN书生

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-09-17 07:47:29
没有模板挺麻烦的。做做半理性设计嘛
...

我们实验室一个师姐做的非理性设计，让我做理性设计，觉得没模板没法往下进行……
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9楼2013-09-17 12:18:57
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by JAYWEN书生 at 2013-09-17 12:18:57
我们实验室一个师姐做的非理性设计，让我做理性设计，觉得没模板没法往下进行……...

去做个蛋白结晶三维结构吧
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我还年轻，我要上路！
10楼2013-09-17 12:26:34
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