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499649610

金虫 (小有名气)

[求助] 细菌鉴定

分离到一个菊欧文氏杆菌(Dickeya)已做过理化性质 和全基因组测序,但仍然不清楚怎么定种,求各位大虾指导……同时有没有什么定种的鉴定手册之类的文献书籍推荐,万分感激……
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499649610

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wsh01300 at 2013-09-10 15:08:33
做了全基因组测序的话很好办了,先对全基因组测序结果进行基因注释,跟据注释结果你可以找到16srDNA的序列,或者用通用的16srDNA的扩增引物序列对全基因组测序结果进行比对(如果你确定你分离的是菊欧文氏杆菌的话也 ...

16srDNA的序列在分类上是基本上只能用于属的鉴定的…
9楼2013-10-03 08:29:19
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wsh01300

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励热心交流! 2013-09-12 10:42:44
做了全基因组测序的话很好办了,先对全基因组测序结果进行基因注释,跟据注释结果你可以找到16srDNA的序列,或者用通用的16srDNA的扩增引物序列对全基因组测序结果进行比对(如果你确定你分离的是菊欧文氏杆菌的话也可以用这种菌株的16srDNA进行序列比对),找出16srDNA序列,然后构建系统进化树,就可以跟据分析结果进行定种了,如果16srDNA的序列跟其它种的相似性不高的话可以认为是一新种
2楼2013-09-10 15:08:33
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cyanobacter

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励应助! 2013-09-12 10:42:54
做一个16S PCR,测序结果拿到NCBI上比对看与哪个菌相似性最近,如果相似性高于97%基本可以确定属于那种菌,如果低于97%可以考虑为该属的新种。
可以参考中文的《细菌鉴定手册》微生物所东秀珠老师编写的,上面有关于新种鉴定的具体实验。
3楼2013-09-10 16:32:59
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499649610

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by cyanobacter at 2013-09-10 16:32:59
做一个16S PCR,测序结果拿到NCBI上比对看与哪个菌相似性最近,如果相似性高于97%基本可以确定属于那种菌,如果低于97%可以考虑为该属的新种。
可以参考中文的《细菌鉴定手册》微生物所东秀珠老师编写的,上面有关 ...

我的菌株 和dickeya属中的几个种的同源性都可以达到97%及以上,所以这个 不好定,此外,我做过一些看家基因的进化树分析,不同的看家基因做出来的聚类差别有点大,所以 疑问……我去看看那本书,谢
4楼2013-09-10 16:39:29
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