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499649610

金虫 (小有名气)

[求助] 细菌鉴定

分离到一个菊欧文氏杆菌（Dickeya）已做过理化性质 和全基因组测序，但仍然不清楚怎么定种，求各位大虾指导……同时有没有什么定种的鉴定手册之类的文献书籍推荐，万分感激……
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1楼 2013-09-10 10:41:11
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wsh01300

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励热心交流！ 2013-09-12 10:42:44
做了全基因组测序的话很好办了，先对全基因组测序结果进行基因注释，跟据注释结果你可以找到16srDNA的序列，或者用通用的16srDNA的扩增引物序列对全基因组测序结果进行比对（如果你确定你分离的是菊欧文氏杆菌的话也可以用这种菌株的16srDNA进行序列比对），找出16srDNA序列，然后构建系统进化树，就可以跟据分析结果进行定种了，如果16srDNA的序列跟其它种的相似性不高的话可以认为是一新种
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2楼2013-09-10 15:08:33
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cyanobacter

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励应助！ 2013-09-12 10:42:54
做一个16S PCR，测序结果拿到NCBI上比对看与哪个菌相似性最近，如果相似性高于97%基本可以确定属于那种菌，如果低于97%可以考虑为该属的新种。
可以参考中文的《细菌鉴定手册》微生物所东秀珠老师编写的，上面有关于新种鉴定的具体实验。
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3楼2013-09-10 16:32:59
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499649610

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cyanobacter at 2013-09-10 16:32:59
做一个16S PCR，测序结果拿到NCBI上比对看与哪个菌相似性最近，如果相似性高于97%基本可以确定属于那种菌，如果低于97%可以考虑为该属的新种。
可以参考中文的《细菌鉴定手册》微生物所东秀珠老师编写的，上面有关 ...

我的菌株 和dickeya属中的几个种的同源性都可以达到97%及以上，所以这个 不好定，此外，我做过一些看家基因的进化树分析，不同的看家基因做出来的聚类差别有点大，所以 疑问……我去看看那本书，谢
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4楼2013-09-10 16:39:29
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mepeng87

铜虫 (小有名气)
请问楼主的生理生化指标是拿指示卡做的还是自己一项一项做的？
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5楼2013-09-11 08:45:19
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wxldynasty

至尊木虫 (著名写手)
建议楼主以生理生化指标进行分类，以16S rRNA 序列的结果为参考进行分类。如果要定新种，一定是以传统的生理生化项为判定方法。可参考伯杰氏细菌鉴定手册。东秀珠老师的那本是常见细菌鉴定手册。
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励志追求，虚悟乾坤~
6楼2013-09-11 08:53:38
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wanqing180

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以通过数值分类鉴定系统来鉴定，另外测一下G+C的含量，如果实验室没条件做不了，可以送去中国普通微生物菌种保藏管理中心，他们有这项服务的，希望对您有用~
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7楼2013-09-11 16:24:12
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anney1007

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
试试梅里埃的微生物鉴定系统（如果是不常见的菌落，用半自动的那款）
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8楼2013-09-12 08:27:58
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499649610

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wsh01300 at 2013-09-10 15:08:33
做了全基因组测序的话很好办了，先对全基因组测序结果进行基因注释，跟据注释结果你可以找到16srDNA的序列，或者用通用的16srDNA的扩增引物序列对全基因组测序结果进行比对（如果你确定你分离的是菊欧文氏杆菌的话也 ...

16srDNA的序列在分类上是基本上只能用于属的鉴定的…
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9楼2013-10-03 08:29:19
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499649610

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wanqing180 at 2013-09-11 16:24:12
可以通过数值分类鉴定系统来鉴定，另外测一下G+C的含量，如果实验室没条件做不了，可以送去中国普通微生物菌种保藏管理中心，他们有这项服务的，希望对您有用~

全基因组数据出来 GC含量好像也就一起出来了 这个也没办法说用来直接定种
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10楼2013-10-03 08:31:07
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