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爱上文慧银虫 (小有名气)
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[求助]
当酶的活性中心是Asp和Glu时，哪些离子可以影响到它的活性
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我通过网站预测我的酶的蛋白质结构，结果显示酶活性中心可能是Asp和Glu，我想有针对性的做一些实验，不到从哪里下手。 谢谢各位虫友帮忙！ |
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2楼2013-09-05 15:56:31
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3楼2013-09-05 22:56:32
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4楼2013-09-08 08:35:23
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5楼2013-09-08 08:38:29
【答案】应助回帖
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研究活性中心的办法，一般可以通过化学修饰来确定对活性影响大的氨基酸种类，可以通过多序列比对、pfam或prosite确定在序列上那个地方的氨基酸发挥的功能，已经测定结构的可以通过凹穴的分析结合酶活性中心常出现的氨基酸种类，以及对接，pKa虚拟滴定来判断。对初步确定的活性中心位点，可以通过突变来判断是否活性中心，简单实验是突变成最相似的氨基酸种类，如果都没有活性，结合其他也可以判断。如果做了饱和突变，只有野生型有活性，其他都没有活性，也可以基本判断为活性中心。 |
6楼2013-09-08 10:36:12
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【答案】应助回帖
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爱上文慧: 金币+5, ★有帮助, 谢谢你的帮助！！ 2013-09-09 08:09:56
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用定点突变当然是可以做到，不过还有更简单的方法，直接对于蛋白质进行Asp和Glu进行专一性化学修饰，然后测定酶的活性是否下降。如果Asp和Glu处于活性中心，很可能有超反应性，可以对于Asp和Glu进行专一性化学修饰的试剂加以梯度加入。 可以参考： Greg T. Hermanson，Bioconjugate Techniques，Elsevier Inc，2008，2nd edition http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6282809 |
7楼2013-09-08 16:05:13
