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求教MVD、Chem3D、Gaussian、GAMESS相关使用问题？
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如题，利用molegro virtual docker 对某蛋白与某底物进行对接，在返回得到的N个可能性较高的结果中，有何标准 or 依据 判断得到最终的最佳结果？或者有做过实例的，有没有任何经验可以分享？ 望不吝赐教，在这儿先谢过啦！  --------------------------------------------分割线--------------------------------------------------- 以上是数日之前的提问，发现并没有得出什么结论，自己在实践的过程中，也越来越有点清楚又有点模糊的感觉。。。 在这里，再次求教下： 1. 假如我要用Chem3D软件构建几种底物的初始几何模型，并寻找其较低能量构型，我是应该用Calculations→GAMESS Interface→Minimize(Energy/Geometry)？还是用Calculations→Gaussian Interface→Minimize(Energy/Geometry)？为什么？ 2. 如何利用Chem3D 创建高斯输入文件？除了“Gaussian-Create input file”命令外，还有什么注意事项？“Method”是否有必要更改？ 谢谢大家了，望得到虫友们的支持，金币可以追加的！  [ Last edited by 霁玉雪 on 2013-9-12 at 12:33 ] |
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