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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 求教MVD、Chem3D、Gaussian、GAMESS相关使用问题？
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霁玉雪

铁虫 (正式写手)

[交流] 求教MVD、Chem3D、Gaussian、GAMESS相关使用问题？

如题，利用molegro virtual docker 对某蛋白与某底物进行对接，在返回得到的N个可能性较高的结果中，有何标准 or 依据 判断得到最终的最佳结果？或者有做过实例的，有没有任何经验可以分享？
望不吝赐教，在这儿先谢过啦！


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以上是数日之前的提问，发现并没有得出什么结论，自己在实践的过程中，也越来越有点清楚又有点模糊的感觉。。。

在这里，再次求教下：
1.   假如我要用Chem3D软件构建几种底物的初始几何模型，并寻找其较低能量构型，我是应该用Calculations→GAMESS Interface→Minimize(Energy/Geometry)？还是用Calculations→Gaussian Interface→Minimize(Energy/Geometry)？为什么？

2.   如何利用Chem3D 创建高斯输入文件？除了“Gaussian-Create input file”命令外，还有什么注意事项？“Method”是否有必要更改？

谢谢大家了，望得到虫友们的支持，金币可以追加的！

[ Last edited by 霁玉雪 on 2013-9-12 at 12:33 ]
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1楼 2013-09-02 22:24:00
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houxuben

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
霁玉雪: 金币+2, 谢谢回帖O(∩_∩)O~ 2013-09-05 09:24:36
一般看打分吧，然后再看看结合模式是否合理
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3楼2013-09-04 11:11:51
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霁玉雪

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by houxuben at 2013-09-04 11:11:51
一般看打分吧，然后再看看结合模式是否合理

这个我知道，但是由于缺乏经验，很难从几个相近的结果中判断哪个是最佳结果，身边又没有前人指导。大约只知道底物需进入空腔，dockingscore 和 rerankscore分数高一点的是比较好的，但是不清楚底物要头朝里还是尾巴朝里，是否需要离金属离子近一些，底物与某些氨基酸或金属离子平行、垂直或怎样一种姿态？还是要参照蛋白本身的活性配体的形态，要尽量保持跟它一致？
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4楼2013-09-05 09:32:49
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