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dftb中默认温度是0K，计算单点能怎么设置温度呢？
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dftb中默认温度是0K，要计算300K下的单点能，怎么设置温度呢？输入文件见附件，输出结果显示，Driver 里的Thermostat有问题，这该怎么解决呢？ |
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2013-08-22 21:04:43, 2.83 K
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ChemiAndy
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gmy1990: 金币+5 2013-08-23 03:25:07
毛毛虫_: 回帖置顶 2013-08-27 22:32:41
gmy1990: 金币+5 2013-08-23 03:25:07
毛毛虫_: 回帖置顶 2013-08-27 22:32:41
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一般所说的单点能，是指0K下的势能，包括了“原子核，电子”体系之间左右的相互作用能，以及电子动能(电子动能通常很小)。所以计算单点能不需要指定温度，你的输出文件中去掉Driver那一项即可得到单点能。 0K下的分子与300K下的分子仅差一个原子核动能，每个原子在每个方向具有平均动能1/2*kT，所以总动能即为所有N个原子在x,y,z三个方向动能之和为：3*N*(1/2*kT)。这是能均分定理。你就是用MD跑300K下的动力学模拟，其结果也是如此。 另外，我注意到你的体系里有H原子，那么你应该在Hamiltonian里添加如下2项： DampXH = Yes DampXHExponent = 4.53 这两项是指定进行H键校正。这对SCC-DFTB2的能量计算非常重要。 请参考manual和下面文献，其中在方法名称中有“h”的，就是加了这一项氢键校正： M. Gaus, Q. Cui, and M. Elstner. DFTB3: Extension of the Self-Consistent-Charge Density-Functional Tight-Binding Method (SCC-DFTB). J. of Chem. Theory Comput., 7:931–948,2011. 19, 20 此外，建议你做计算使用SCC-DFTB3方法，否则发文章的话，审稿人会问你，明明DFTB3被证明比DFTB2准确很多，你为什么不用DFTB3。 指定DFTB3是在Hamiltonian中加如下关键词： ThirdOrderFull = Yes HubbardDerivs = { C = -0.1492 O = -0.1575 H = -0.1857 } 这些参数都是上面Cui Qiang那篇文献中报道的。 |
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毛毛虫_2楼2013-08-23 01:01:38
3楼2013-08-27 13:08:38