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转录组测序
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我现在准备做转录组测序找差异基因，但是手上的经费有限，所以可能不能做重复。 我打算测序做一个处理和一个对照的两个样本（没有重复），然后再通过筛选出来的某些关键差异基因做RT-PCR的验证，这样可行吗？因为我已经有了生理生化和蛋白质组的数据了且结果还不错，如果转录组是这样的实验计划话，在文章投稿的方面，能够投到IF＞7的杂志吗？有经验的朋友请指教。 我是担心在投稿的时候别人编辑会说＂这个只是反映了个体的转录情况，而并不代表群体的转录情况"而被拒稿，那就很杯具了。 如果上述实验方案不行的话，那么我只做两个重复可行（经费最多支持这么多了）？因为有一个重复总比没有好，起码这是个科学问题，做了和没做这是本质的差别，两个算生物学的重复吗？但就是经费的问题非常纠结了，所以我现在很纠结，请高人指教，谢谢谢谢，感激不尽！  （备注：我想把转录测序所获的差异基因转录结果放到文章中且比较重要，我做的物种还没有基因组测序） [ Last edited by wybiology on 2013-8-19 at 13:56 ] |
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yimingwang
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2楼2013-08-19 15:41:46
3楼2013-08-19 16:03:57
送红花一朵 |
我现在的进展就是通过生理生化和蛋白质组的结果整合并分析发现在某个生理过程中有明显的胁迫响应。但是在其他物种中涉及到该生理过程中这些非常重要的好几个蛋白都有报道在转录和翻译水平都有调节其表达变化的机制，我现在非常想通过转录水平看看到底是怎么回事。毕竟蛋白质的二维电泳技术能分离到的蛋白是很有限的。那么我不做转录组测序，直接从差异蛋白中选取关键蛋白的序列，根据其同源性设计简并引物来做RT-PCR这样应该会比单次的转录组测序来得更实际和具有针对性？ 就现在的数据做更进一步的分析这一点的话，请允许我冒昧的问：如果是站在你的角度，那么你可能会怎样做？是把现在已有的故事说的更完善，还是更深入的展开故事，还有别的plan？ 谢谢，你的回复，受益颇多，特别是那句＂实验设计不要太贪＂来得就像一剂定心丸，呵呵 |
4楼2013-08-19 17:00:36
yimingwang
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【答案】应助回帖
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这完全是要根据你所想投的杂志而定。楼主是蛋白质组学方向，那么仅蛋白质组学方向而言，无非就是4个杂志：MCP, JOP, JPR 和 proteomics. 后三个影响因子比较低，不再考虑范围之内。MCP对下游数据没有要求，重点在对蛋白组学数据的分析及进一步讨论。 如果楼主要再向上发的话，拿PNAS为例，转录组验证，就如楼主所说的“直接从差异蛋白中选取关键蛋白的序列，根据其同源性设计简并引物来做RT-PCR”。然后进一步对单个，或几个有差异蛋白进行体外，体内功能学验证。从而直接证明这个蛋白的对逆境作用的重要性。这个抗逆过程是如何实现的。 如果要再往上发的话。你就要找到非常重要的东西，还需要点运气了。呵呵。 |
5楼2013-08-19 17:11:01