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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » MGLTools目录下的几个软件都是干吗用的呢
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29050801

新虫 (小有名气)

[求助] MGLTools目录下的几个软件都是干吗用的呢

平时接触到的也就是AutodockTools
其他几个就放在那
也打开看过
感觉差不多的样子
这些：CADD、PMV、Visio
他们都是干嘛的啊

好吧
每个都要金币啊
那我再多问个问题

autodock运算结束了
这结果里我看一个文章
他是得到100个结果
然后有下面的数据
这个他是怎么提取的这些参数呢？
不会是直接文本编辑器打开的dlg文件挨个复制粘贴的吧？

图片：
MGLTools目录下的几个软件都是干吗用的呢
数据截图
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1楼 2013-08-16 10:28:27
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
29050801: 金币+6, ★有帮助 2013-08-17 23:46:51
mgltools里面本来就有一个分析cluster的功能啊。前提是要你在做autodock对接的时候你设置了对接构象的数目。还能画出柱状图呢。用不着自己去文件里面找。奇怪这个文章里面的对接能量也未免太小了，最大才到5，小于10的分子我都不看。
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2楼2013-08-16 14:12:36
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29050801

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-08-16 14:12:36
mgltools里面本来就有一个分析cluster的功能啊。前提是要你在做autodock对接的时候你设置了对接构象的数目。还能画出柱状图呢。用不着自己去文件里面找。奇怪这个文章里面的对接能量也未免太小了，最大才到5，小于1 ...

嗯
就是啊
我按照他的文章的方法做出来的结果30次
也比他的小
他的最好的集中在-4.05
我做了30次
最好的在-7.0

是不是这个图啊？您说的
MGLTools目录下的几个软件都是干吗用的呢-1
Ligand：rms=2.0
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3楼2013-08-16 14:48:54
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29050801

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-08-16 14:12:36
mgltools里面本来就有一个分析cluster的功能啊。前提是要你在做autodock对接的时候你设置了对接构象的数目。还能画出柱状图呢。用不着自己去文件里面找。奇怪这个文章里面的对接能量也未免太小了，最大才到5，小于1 ...

突然想起来
他表格里的最大值
平均值
数量
是不是这里得到的啊？

如果是的话
平均值是怎么得到的呢？
MGLTools目录下的几个软件都是干吗用的呢-2
PrintScreen
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4楼2013-08-16 14:53:10
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

原来他算的是CD和小分子的对接，之前没有仔细看。但是如果你都算出来7了，应该也不会有问题啊。
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5楼2013-08-17 07:47:38
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29050801

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-08-17 07:47:38
原来他算的是CD和小分子的对接，之前没有仔细看。但是如果你都算出来7了，应该也不会有问题啊。

恩是的
刚开始做这方面
对能量大小范围还不是特别明确

这个数据出来后出来在autodocktools里头分析
还有什么方法啊？
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6楼2013-08-17 12:22:39
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