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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

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[求助] 怎么样在集群里提交cpmd任务？

cpmd的任务提交跟vasp有一点小不同，直接提交任务的时候，需要提供输入文件：
>cpmd.x inputfile

如果在集群队列管理系统下，需要做一个提交脚本文件，我准备的如下：

#!/bin/sh
APP_NAME=intelg_mid
NP=4
NP_PER_NODE=1
RUN="RAW"
CURDIR=$PWD

CPMD=~/nscc410_CWL/bin/cpmd.x
mpirun -np $NP -machinefile $CURDIR/nodelist $CPMD inp1 &> cpmd.out

提交任务的时候，
>bsub -J jobname ./cpmd.sh
但是，如果要计算下一个任务，就要进入cpmd.sh修改inp1.

有没有简单一些的方法呢？

@一声叹息010

[ Last edited by cenwanglai on 2013-8-11 at 15:30 ]

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请教：在集群上提交任务后无法开始运行已经有4人回复

1楼 2013-08-11 07:43:43

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xuchunhong88

铜虫 (初入文坛)

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专业: 凝聚态物性I:结构、力学和

引用回帖:

8楼: Originally posted by cenwanglai at 2013-09-01 07:53:22
我运行cpmd跑DAY1~4老出现问题，反复尝试也没有找到问题所在。请问你有出现这样的问题吗？

找到问题所在了，我编译出错~
...

我跑怎么就运行不了，我初次学，可不可以帮我下！在集群下怎么才能跑，脚本怎么规定啊？

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10楼2014-04-29 16:35:50

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一声叹息010

木虫 (小有名气)

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惭愧呀，我没用过集群队列管理系统，没有好的脚本。
不过，造成楼主繁复操作的原因，应该是在脚本中把输入和输出写成固定的了，所以每次都要修改。试试把最后一行改成下面呢

mpirun -np $NP -machinefile $CURDIR/nodelist $CPMD $1 &> "$1".out

$1表示cpmd.sh后跟随的第一个参数，也就是cpmd的输入文件名。提交时如下

>bsub -J jobname ./cpmd.sh h2o

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