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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » 怎么样在集群里提交cpmd任务？
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cenwanglai

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[求助] 怎么样在集群里提交cpmd任务？

cpmd的任务提交跟vasp有一点小不同， 直接提交任务的时候，需要提供输入文件：
>cpmd.x inputfile

如果在集群队列管理系统下，需要做一个提交脚本文件，我准备的如下：

#!/bin/sh
APP_NAME=intelg_mid
NP=4
NP_PER_NODE=1
RUN="RAW"
CURDIR=$PWD

CPMD=~/nscc410_CWL/bin/cpmd.x
mpirun -np $NP -machinefile $CURDIR/nodelist $CPMD inp1 &> cpmd.out

提交任务的时候，
>bsub -J jobname ./cpmd.sh
但是，如果要计算下一个任务，就要进入cpmd.sh修改inp1.

有没有简单一些的方法呢？


@一声叹息010

[ Last edited by cenwanglai on 2013-8-11 at 15:30 ]
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1楼 2013-08-11 07:43:43
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一声叹息010

木虫 (小有名气)
惭愧呀，我没用过集群队列管理系统，没有好的脚本。
不过，造成楼主繁复操作的原因，应该是在脚本中把输入和输出写成固定的了，所以每次都要修改。试试把最后一行改成下面呢

mpirun -np $NP -machinefile $CURDIR/nodelist $CPMD $1 &> "$1".out

$1表示cpmd.sh后跟随的第一个参数，也就是cpmd的输入文件名。提交时如下

>bsub -J jobname ./cpmd.sh h2o
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静则无息，动则无敌
2楼2013-08-13 16:21:58
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cenwanglai

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无法给你发金币啊，请重新跟帖，选择应助
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3楼2013-08-14 09:18:37
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一声叹息010

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cenwanglai at 2013-08-14 09:18:37
无法给你发金币啊，请重新跟帖，选择应助

楼主，你尝试后成功了，还是看后觉得可行呢
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4楼2013-08-14 09:44:35
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cenwanglai

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引用回帖:
4楼: Originally posted by 一声叹息010 at 2013-08-14 09:44:35
楼主，你尝试后成功了，还是看后觉得可行呢...

尝试了一下，觉得可行。
还需要做一些修改。
“$1”.out这一部分好像不灵。
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5楼2013-08-14 11:20:39
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一声叹息010

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by cenwanglai at 2013-08-14 11:20:39
尝试了一下，觉得可行。
还需要做一些修改。
“$1”.out这一部分好像不灵。...

能把具体出现的问题说一下吗
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静则无息，动则无敌
6楼2013-08-14 14:28:33
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cenwanglai

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引用回帖:
6楼: Originally posted by 一声叹息010 at 2013-08-14 14:28:33
能把具体出现的问题说一下吗...

仔细验证过，
cpmd.sh中引入$1，然后通过bsub -J hehe ./cpmd.sh inp1来指定输入文件，这种方法不能运行。
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7楼2013-09-01 07:41:39
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cenwanglai

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引用回帖:
6楼: Originally posted by 一声叹息010 at 2013-08-14 14:28:33
能把具体出现的问题说一下吗...

我运行cpmd跑DAY1~4老出现问题，反复尝试也没有找到问题所在。请问你有出现这样的问题吗？


找到问题所在了，我编译出错~

[ Last edited by cenwanglai on 2013-9-1 at 08:23 ]
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8楼2013-09-01 07:53:22
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shenchun11

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by cenwanglai at 2013-09-01 07:53:22
我运行cpmd跑DAY1~4老出现问题，反复尝试也没有找到问题所在。请问你有出现这样的问题吗？


找到问题所在了，我编译出错~
...

run inp1 这些总是报错  是什么原因呢  编译应该没问题啊
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9楼2014-03-02 16:56:35
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xuchunhong88

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by cenwanglai at 2013-09-01 07:53:22
我运行cpmd跑DAY1~4老出现问题，反复尝试也没有找到问题所在。请问你有出现这样的问题吗？


找到问题所在了，我编译出错~
...

我跑怎么就运行不了，我初次学，可不可以帮我下！在集群下怎么才能跑，脚本怎么规定啊？
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10楼2014-04-29 16:35:50
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