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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » deposit
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mingmbm

铜虫 (小有名气)

[交流] deposit

各位大神，我最近早做沉积的模拟，用到deposit命令，部分in.文件为
compute         C_temp Film temp
compute_modify  C_temp dynamic yes
fix            1 g_adatom nve
fix             2 g_fix setforce 0.0 0.0 0.0
fix             3 g_heat temp/berendsen 300.0 300.0 100.0
fix             4 all deposit 50 1 5000 430392 region r_adatom vx 0.1 0.1 vy 0.0 0.0 vz -0.2 -0.2 units box
#velocity      g_adatom set -0.1 0.0 -0.1 units box
thermo_modify   temp C_temp lost ignore norm yes
thermo_style custom step temp c_C_temp pe etotal press vol
但在运行后，添加的原子就停在r_adatom，没有初速度，这是什么原因，我赢的边界条件为 p p f，
请各位大神指教，我改怎么改，才能让增加的原子有速度 Sample Text
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1楼 2013-08-10 17:30:09
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alundilong

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主可以把
fix            1 g_adatom nve中的group改成all就可以了。

lammps中默认的group都是静态的，即当有原子增减后，原来定义的group中的原子并不更新。另外，默认的位移动态group只有一个，就是all。楼主也可以自定在定义group的时候，定义为动态group也可以，但是费时。
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6楼2016-04-22 00:54:48
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天泊乐

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你有没有对r_adatom区域的原子进行相应的integration更新位置，速度等信息啊？
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2楼2013-08-12 09:11:48
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mingmbm

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 天泊乐 at 2013-08-12 03:11:48
你有没有对r_adatom区域的原子进行相应的integration更新位置，速度等信息啊？

我在r_adatom区域用了NVE 系综积分，但也没用，你能讲详细些吗，谢谢
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3楼2013-08-13 15:49:22
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mingmbm

铜虫 (小有名气)
各位，求助？
在dump文件中可以看到原子上有速度显示，但原子的位置一直不动，像各位大神求解。
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4楼2013-08-19 15:28:15
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