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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 初用MUSIC,请问分子文件从哪里能找得到？例如MIL-53
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rdfce6

铁虫 (初入文坛)

[求助] 初用MUSIC,请问分子文件从哪里能找得到？例如MIL-53

刚刚开始用MUSIC，能够重复初网站上的例子（IRMOF吸附甲烷的那个）。现在想做点儿MIL-53的，看原来的帖子这个应该有现成的分子文件，请问哪儿能找得到呢？？
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1楼 2013-08-01 11:27:15
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dixonsion

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
rdfce6: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 终于有人理我了，虽然还是不太会，不过，有希望就好，希望还多多帮助~~ 2013-08-06 15:37:36
1.在CCDC上找到MIL-53的cif文件
2.导入MS里把杂原子删除
3.make P1
4.再导出坐标文件，导入到excel里面按照MUSIC分子文件格式处理一下就可以
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2楼2013-08-06 09:24:53
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dixonsion

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by rdfce6 at 2013-08-06 15:50:33
找到MS，就是Materials Studio对吧？
那么make P1是什么意思呢？？...

build-symmetry-make P1
make P1即删除除晶胞对称之外的其他对称，实质上就是只取单个晶胞，删除周期性
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rdfce6
5楼2013-08-07 09:12:13
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rdfce6

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dixonsion at 2013-08-06 09:24:53
1.在CCDC上找到MIL-53的cif文件
2.导入MS里把杂原子删除
3.make P1
4.再导出坐标文件，导入到excel里面按照MUSIC分子文件格式处理一下就可以

菜鸟一只还想问问您，这个MS指的是什么？应该装什么软件呢？
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3楼2013-08-06 15:39:05
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rdfce6

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dixonsion at 2013-08-06 09:24:53
1.在CCDC上找到MIL-53的cif文件
2.导入MS里把杂原子删除
3.make P1
4.再导出坐标文件，导入到excel里面按照MUSIC分子文件格式处理一下就可以

找到MS，就是Materials Studio对吧？
那么make P1是什么意思呢？？
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4楼2013-08-06 15:50:33
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rdfce6

铁虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by dixonsion at 2013-08-07 09:12:13
build-symmetry-make P1
make P1即删除除晶胞对称之外的其他对称，实质上就是只取单个晶胞，删除周期性...

谢谢找到了，不过还有个问题，我make P1后尝试导出坐标文件，直接点File>Export，文件名选择.mol来保存，结果报错说文件格式不对，然后尝试用了其他格式来保存貌似都不行，请问是什么原因呢？？万分感谢。
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6楼2013-08-07 15:12:43
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m11111222222

新虫 (小有名气)
这种mol格式与music要求的不一样，或者说music里面的mol只是个后缀标记，不是真正的mol格式，所以不能直接用mol格式文件。我的理解
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7楼2013-10-11 10:40:27
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rdfce6

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by m11111222222 at 2013-10-11 10:40:27
这种mol格式与music要求的不一样，或者说music里面的mol只是个后缀标记，不是真正的mol格式，所以不能直接用mol格式文件。我的理解

谢谢~
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8楼2013-10-15 12:24:11
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m11111222222

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by rdfce6 at 2013-10-15 12:24:11
谢谢~...

兄弟你也在用MUSIC吗？希望能多多交流下啊
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9楼2013-10-15 18:58:16
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rdfce6

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by m11111222222 at 2013-10-15 18:58:16
兄弟你也在用MUSIC吗？希望能多多交流下啊...

是啊~我还是菜鸟，多多交流~
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10楼2013-10-22 13:50:50
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