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rdfce6

铁虫 (初入文坛)

[求助] 初用MUSIC,请问分子文件从哪里能找得到?例如MIL-53

刚刚开始用MUSIC,能够重复初网站上的例子(IRMOF吸附甲烷的那个)。现在想做点儿MIL-53的,看原来的帖子这个应该有现成的分子文件,请问哪儿能找得到呢??
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dixonsion

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
rdfce6: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 终于有人理我了,虽然还是不太会,不过,有希望就好,希望还多多帮助~~ 2013-08-06 15:37:36
1.在CCDC上找到MIL-53的cif文件
2.导入MS里把杂原子删除
3.make P1
4.再导出坐标文件,导入到excel里面按照MUSIC分子文件格式处理一下就可以
2楼2013-08-06 09:24:53
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dixonsion

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by rdfce6 at 2013-08-06 15:50:33
找到MS,就是Materials Studio对吧?
那么make P1是什么意思呢??...

build-symmetry-make P1
make P1即删除除晶胞对称之外的其他对称,实质上就是只取单个晶胞,删除周期性

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2013-08-07 09:12:13
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普通回帖

rdfce6

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dixonsion at 2013-08-06 09:24:53
1.在CCDC上找到MIL-53的cif文件
2.导入MS里把杂原子删除
3.make P1
4.再导出坐标文件,导入到excel里面按照MUSIC分子文件格式处理一下就可以

菜鸟一只还想问问您,这个MS指的是什么?应该装什么软件呢?
3楼2013-08-06 15:39:05
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rdfce6

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dixonsion at 2013-08-06 09:24:53
1.在CCDC上找到MIL-53的cif文件
2.导入MS里把杂原子删除
3.make P1
4.再导出坐标文件,导入到excel里面按照MUSIC分子文件格式处理一下就可以

找到MS,就是Materials Studio对吧?
那么make P1是什么意思呢??
4楼2013-08-06 15:50:33
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rdfce6

铁虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by dixonsion at 2013-08-07 09:12:13
build-symmetry-make P1
make P1即删除除晶胞对称之外的其他对称,实质上就是只取单个晶胞,删除周期性...

谢谢找到了,不过还有个问题,我make P1后尝试导出坐标文件,直接点File>Export,文件名选择.mol来保存,结果报错说文件格式不对,然后尝试用了其他格式来保存貌似都不行,请问是什么原因呢??万分感谢。
6楼2013-08-07 15:12:43
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m11111222222

新虫 (小有名气)

这种mol格式与music要求的不一样,或者说music里面的mol只是个后缀标记,不是真正的mol格式,所以不能直接用mol格式文件。我的理解
7楼2013-10-11 10:40:27
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rdfce6

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by m11111222222 at 2013-10-11 10:40:27
这种mol格式与music要求的不一样,或者说music里面的mol只是个后缀标记,不是真正的mol格式,所以不能直接用mol格式文件。我的理解

谢谢~
8楼2013-10-15 12:24:11
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m11111222222

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by rdfce6 at 2013-10-15 12:24:11
谢谢~...

兄弟你也在用MUSIC吗?希望能多多交流下啊
9楼2013-10-15 18:58:16
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rdfce6

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by m11111222222 at 2013-10-15 18:58:16
兄弟你也在用MUSIC吗?希望能多多交流下啊...

是啊~我还是菜鸟,多多交流~
10楼2013-10-22 13:50:50
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