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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 如何减少引物二聚体
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zhlf1989513

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
崔永霞(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖交流！ 2013-07-29 10:48:02
楼主可以把退火温度提高，可以做个降落PCR试试。。。
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keepon
11楼2013-07-29 09:01:00
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figmeiling

新虫 (初入文坛)
★
崔永霞(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖交流！ 2013-07-29 10:47:45
适当的提高几度退火温度。我自己设计的引物，进行PCR扩增时也这样，后来我把做了梯度PCR，适当的提高了3度，二聚体减少了挺多的。
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12楼2013-07-29 09:01:15
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wangweida2

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
崔永霞(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-07-29 10:47:52
如果提高退火温度引物二聚体仍然有的话建议直接重新设计引物，尤其注意引物3'末端不要有互补碱基。
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13楼2013-07-29 09:43:36
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zhlf1989513

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 07bio at 2013-07-28 15:16:27
给你篇文献自己看下
Brownie J, Shawcross S, Theaker J, Whitcombe D, Ferrie R, Newton C, Little S. The elimination of primer-dimer accumulation in PCR. Nucleic Acids Res 1997; 25:3235-3241

这位仁兄，你说的这篇文献你看懂了吗？能不能帮我解释下这是中什么样的方法？我没怎么看懂。。。麻烦了。。。
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keepon
14楼2013-07-29 09:44:00
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小乖_1990

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
设计引物的时候，两条引物的3‘端最好不要有结合位点。
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走自己的路，让别人羡慕嫉妒恨去吧！！！
15楼2013-07-29 09:52:46
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崔永霞

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by 小乖_1990 at 2013-07-29 09:52:46
设计引物的时候，两条引物的3‘端最好不要有结合位点。

哦，非常感谢！
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每个人都有心底最柔软的地方，请不要触碰它，因为每个人都有自己的尊严！
16楼2013-07-29 17:06:37
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07bio

木虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by zhlf1989513 at 2013-07-29 09:44:00
这位仁兄，你说的这篇文献你看懂了吗？能不能帮我解释下这是中什么样的方法？我没怎么看懂。。。麻烦了。。。...

大意是描述一种方法，可以消除引物二聚体的积累
These observations led to the hypothesis that a system could be developed whereby the accumulation of PDs in a PCR may be eliminated
具体方法是在引物的5‘端加入一段寡核苷酸序列
We demonstrate a method for the general suppression of PD formation that uses a sequence of additional nucleotides (a Tail) at the 5′ ends of amplimers.
文章太长，不可能帮你翻译，自己看吧。
另外，针对你的问题可以先用高浓度的模板做看看，不行再做退火梯度。
引物该怎么设计，这个网上一搜一大堆。
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17楼2013-07-29 17:08:11
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崔永霞

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by zhlf1989513 at 2013-07-29 09:01:00
楼主可以把退火温度提高，可以做个降落PCR试试。。。

好，非常感谢！我试试！
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每个人都有心底最柔软的地方，请不要触碰它，因为每个人都有自己的尊严！
18楼2013-07-29 17:08:16
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崔永霞

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by 07bio at 2013-07-29 17:08:11
大意是描述一种方法，可以消除引物二聚体的积累
These observations led to the hypothesis that a system could be developed whereby the accumulation of PDs in a PCR may be eliminated
具体方法是在引物的 ...

如果用高浓度的模板的话，模板大概用多少比较合适？
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每个人都有心底最柔软的地方，请不要触碰它，因为每个人都有自己的尊严！
19楼2013-07-29 17:11:39
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07bio

木虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by 崔永霞 at 2013-07-29 17:11:39
如果用高浓度的模板的话，模板大概用多少比较合适？...

看你做什么了，50 ng/ul绝对够多了
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20楼2013-07-29 17:32:38
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