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hellosky

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细菌16rDNA的系统发育树分析已经有3人回复

1楼 2013-07-26 18:03:32

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

BioEPI: 18
应助: 599 (博士)
贵宾: 1.818
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散金: 197
红花: 48
沙发: 2
帖子: 2254
在线: 400.7小时
虫号: 1879241
注册: 2012-07-05
性别: GG
专业: 生物信息学

【答案】应助回帖

引用回帖:

3楼: Originally posted by hellosky at 2013-07-29 18:28:24
因为刚刚接触系统进化分析，所以很迷惑，以上两个进化树中所选的序列是完全一样的，只是在建树的时候选了不同的算法，我的目的序列标为桃，现在看6者的进化关系在两种算法下是不是不一样了啊，如果选通用的算法NJ法 ...

第一个图有距离关系，而第二个图没有，看进化关系的话，拓扑结构和距离都很重要，所以应该依赖第一个图多些。
但是算法上，maximum likelihood和bayesian要比nj和mp更可靠些。
你得到的树可以用njplot来看，然后可以选择outgroup。