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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » MEGA5.1绘制系统发育树时为何用不用算法绘制出的树不一样呢
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hellosky

禁虫 (初入文坛)
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1楼 2013-07-26 18:03:32
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tautou2012

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
其实是一样的 只是外类群选的不一样而已
赞一下 回复此楼
天然蛋白纯化
2楼2013-07-29 10:40:24
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hellosky

禁虫 (初入文坛)
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3楼2013-07-29 18:28:24
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by hellosky at 2013-07-29 18:28:24
因为刚刚接触系统进化分析，所以很迷惑，以上两个进化树中所选的序列是完全一样的，只是在建树的时候选了不同的算法，我的目的序列标为桃，现在看6者的进化关系在两种算法下是不是不一样了啊，如果选通用的算法NJ法 ...

第一个图有距离关系，而第二个图没有，看进化关系的话，拓扑结构和距离都很重要，所以应该依赖第一个图多些。
但是算法上，maximum likelihood和bayesian要比nj和mp更可靠些。
你得到的树可以用njplot来看，然后可以选择outgroup。
赞一下 回复此楼
4楼2013-07-29 19:19:56
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