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lq102021金虫 (小有名气)
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[求助]
如何用Arlequin计算群体之间的FST 已有1人参与
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我有群体之间的DNA序列，但是不会导入到Arlequin中去，求大侠指点迷津！！！小弟在此谢过！ >sr tatatagaccctaaaaacgtccagggactaataatgcaaatatggaaatcttctggggca aacttgagcttctgaaaacttgaaagcgtttagggtttttgctgggccgaaactggtgtc gaccgacaccaagagtgtgtcgctcgacactcatcgctgattcctgaaccaaaatcgttc ttagtttccttttccttagtttttgctccaaaatgtctccttatctccattgttgtccca ttgcatagaa >pr tatatagaccctaaaaacgtccagggactaataatgcaaatatggaaatcttctggggca aacttgagcttctgaaaacttgaaagcgtttagggtttttgctgggccgaaactggtgtc gaccgacaccaagagtgtgtcgctcgacactcatcgctgattcctgaaccaaaatcgttc ttagtttccttttccttagtttttgctccaaaatgtctccttatctccattgttgtccca ttgcatagaa >su tatatagaccctaaaaacgtccagggactaataatgcaaatatggaaatcttctggggca aacttgagcttctgaaaacttgaaagcgtttagggtttttgctgggccgaaactggtgtc gaccgacaccaagagtgtgtcgctcgacactcatcgctgattcctgaaccaaaatcgttc ttagtttccttttccttagtttttgctccaaaatgtctccttatctccattgttgtccca ttgcatagaa >na tatatagaccctaaaaacgtccagggactaataatgcaaatatggaaatcttatggggca aacttgagcttctgaaaacttgaaagcgtttagggtttttgctgggccgaaactggtgtc gaccgacaccaagagtgtgtcgctcgacactcatcgcagattcctgaaccaaaatcgtcc ttagtttccttttccttagtttttgctccaaaatgtctccttatctccattgttgtccca ttgcatagaa >mo tatatagaccctaaaaacgtccagggactaataatgcaaatatggaaatcttctggggca aacttgagcttctgaaaacttgaaagcgtttagggtttttgctgggccgaaactggtgtc gaccgacaccaagagtgtgtcgctcgacactcatcgctgattcctgaaccaaaatcgttc ttagtttccttttccttagtttttgctccaaaatgtctccttatctccattgttgtccca ttgcatagaa >ta tatatagaccctaaaaacgtccagggactaataatgcaaatatggaaatcttctggggca aacttgagcttctgaaaacttgaaagcgtttagggtttttgctgggccgaaactggtgtc gaccgacaccaagagtgtgtcgctcgacactcatcgctgattcctgaaccaaaatcgttc ttagtttccttttccttagtttttgctccaaaatgtctccttatctccattgttgtccca ttgcatagaa >qi tatatagaccctaaaaacgtccagggactaataatgcaaatatggaaatcttctggggca aacttgagcttctgaaaacttgaaagcgtttagggtttttgctgggccgaaactggtgtc gaccgacaccaagagtgtgtcgctcgacactcatcgctgattcctgaaccaaaatcgtcc ttagtttccttttccttagtttttgctccaaaatgtctccttatctccattgttgtccca ttgcatagaa >wu tatatagaccctaaaaacgtccagggactaataatgcaaatatggaaatcttctggggca aacttgagcttctgaaaacttgaaagcgtttagggtttttgctgggccgaaactggtgtc gaccgacaccaagagtgtgtcgctcgacactcatcgctgattcctgaaccaaaatcgttc ttagtttccttttccttagtttttgctccaaaatgtctccttatctccattgttgtccca ttgcatagaa 里面>sr和>pr是GROUP1，>su和>na是Group2，>mo和>ta是Group3，>qi和>wu是Group5，想计算这些Group之间的fst，怎么样导入数据并进行计算？ |
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2楼2013-07-27 18:48:53
3楼2013-07-27 18:49:55
【答案】应助回帖
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昨晚研究了一下，Arlequin3.1可以这样操作。 首先，你的DNA数据要输入到记事本中保存为 .txt格式，然后重命名为 .fas格式，用Mega软件打开，读取比对好的DNA数据，再保存为 .meg 格式。这个步骤应该很简单的，一般测序跑树都会用到的。 然后，Arlequin软件里有一个可以转换 .meg 为 .arp格式的操作。当然在这个操作里，你第一步要打开Arlequin软件设置一些参数，首界面点击“Configuration”，选择Append results，Editor选择你电脑里的editplus.exe软件（没有的话可以百度下载一个）----->点击"Project Wizard"，"Data Type"选择DNA，"Locus separator"选择None------->点击"Import Data"，选择Mega格式你的DNA数据文档，选择转换为Arlequin格式即可。如果你的DNA数据是放在桌面的，那么转换好的Arlequin格式也会在桌面。 最后，点击“Open Project”,选择转换好的.arp文档----->点击“View project”,会弹出editplus.exe界面的DNA数据输入文件，其实电脑已经基本自动输好，你要做的就是自己设计居群以及给居群命名（要求你有C语言的基础哦，不过Arlequin软件包里的datafiles中的DNA例子可以参考一下，或是在“Open Project”时就打开datafiles中的DNA例子中的.arp文档，此时不用修改因为是编好的），保存为.arp-------> 再重新点击“Open Project”,选择编写好的.arp文档-------->点击“Settings”,选择你想计算的内容------->点击"Start"就OK啦，结果会自动弹出来，保存一下就可以了。 当然了，这也是知识我的初步摸索，不确定操作步骤准确无误，但是可以用来计算数据的，你不妨试一下。 |
4楼2013-07-28 16:11:09
【答案】应助回帖
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请问三楼，是否处理过已知群体等位基因频率，计算群体间Fst，我怎么做出来和文献中不一样，不知哪里出错，在Arlequin的settings中我是勾选了Population compaisons的compute pairwise Fst应该对的吧，可结果出来与文献结果就是不对。我的arp文件如下： [Profile] Title="Y chromosome microsatellite data scored as allele frequencies" #Reference: # Skorecki et al. (1997) Y chromosome of Jewish priests. Nature 385:32. NbSamples=3 DataType=FREQUENCY GenotypicData=0 LocusSeparator=' ' MissingData="?" Frequency= REL [Data] #Commented microsatellite haplotype definition. Not necessary here # [[HaplotypeDefinition]] # # HaplListName="D2S441 haplotypes on Y chromosome" # HaplList={ # 1 Yap- A # 2 Yap- B # 3 Yap- C # } [[Samples]] SampleName="Turkey" SampleSize=300 SampleData= { 1 0 2 0 3 0.1417 4 0.375 5 0.0467 6 0.08 7 0 8 0.0283 9 0.0017 10 0.2717 11 0.055 12 0 } SampleName="Ghana" SampleSize=201 SampleData= { 1 0.0025 2 0.05 3 0.0597 4 0.3706 5 0.0348 6 0.1641 7 0 8 0.0746 9 0.0124 9 0.2338 11 0.0348 12 0.0075 } SampleName="Morocco" SampleSize=86 SampleData= { 1 0 2 0 3 0.0988 4 0.2616 5 0.1105 6 0.0349 7 0 8 0.0349 9 0.0058 10 0.3547 11 0.0988 12 0 } 请帮我看看，是不是文件编写有问题？ |
5楼2014-04-26 16:37:03
6楼2015-01-12 12:00:01
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