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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 请问谁用DFT-D3算过dispersion effect的？
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liweiyi123456

铁杆木虫 (职业作家)

[求助] 请问谁用DFT-D3算过dispersion effect的？

帮帮我吧，从安装，到计算
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vasp 学习贴

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1楼 2013-07-24 09:33:25
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

liweiyi123456

铁杆木虫 (职业作家)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wzwanglab at 2013-07-24 11:18:05
两种方法：
1. Gaussian 09 D.01已经可以方便计算
Several new DFT functionals and two new empirical dispersion models have been added。
2. Grimme主页上有单独的D3计算程序。
看你哪一个方便了。

请问用单独的D3程序怎么算
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3楼2013-07-24 11:20:57
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kjsun

木虫 (正式写手)
★ ★
gmy1990: 金币+2 2013-07-24 16:49:41
程序包里面自带说明书的，看一下就明白了。
给你举个例子，我用的是vasp，PBE，DFT-D3修正，
先用vasp把结构优化好，得到CONTCAR文件，
然后吧dftd3这个软件包安装好，
运行
dftd3 CONTCAR -pbc -func pbe -zero
其中 -pbc是说周期场（VASP计算的结果）
-func是说你用的泛函，不同的泛函修正参数不同，要指定的，我用的是PBE所以是 -func pbe
-zero 是一种DFT-D3的修正方法， -old 是DFT-D2修正，-zero是 damping 为零的DFT-D3修正， -bj是用 BJ 的方法做damping 的DFT-D3修正。 作者推荐-bj，不过我喜欢-zero
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liweiyi123456
4楼2013-07-24 12:13:59
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liweiyi123456

铁杆木虫 (职业作家)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by kjsun at 2013-07-24 12:13:59
程序包里面自带说明书的，看一下就明白了。
给你举个例子，我用的是vasp，PBE，DFT-D3修正，
先用vasp把结构优化好，得到CONTCAR文件，
然后吧dftd3这个软件包安装好，
运行
dftd3 CONTCAR -pbc -func pbe -ze ...

非常感谢，能说一下dftd3怎么装吗？还有我是用高斯优化好的结构，应该怎么交作业
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5楼2013-07-25 22:42:22
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liweiyi123456

铁杆木虫 (职业作家)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by kjsun at 2013-07-26 09:01:30
DFTD3 的程序安装非常简单
1. 在linux下面 解压程序包 tar zxvf dftd3.tgz
2. 将Makefile里面的fortran编译器改成你机器上安装的，如果你的机器恰好装的是ifort，此过程忽略
3. make
出现dftd3 装好了。

...

非常感谢，（1）请问我装的是suse10.2系统，它的编译器好像不是Makefile里面的fortran编译器，请问您在哪里修改？
（2）如何生成.xyz文件呢？
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7楼2013-07-26 15:49:34
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普通回帖

wzwanglab

至尊木虫 (职业作家)

皇帝

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liweiyi123456: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-07-24 11:20:24
gmy1990: 金币+2 2013-07-24 16:49:23
两种方法：
1. Gaussian 09 D.01已经可以方便计算
Several new DFT functionals and two new empirical dispersion models have been added。
2. Grimme主页上有单独的D3计算程序。
看你哪一个方便了。
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liweiyi123456
2楼2013-07-24 11:18:05
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kjsun

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liweiyi123456 at 2013-07-25 22:42:22
非常感谢，能说一下dftd3怎么装吗？还有我是用高斯优化好的结构，应该怎么交作业...

DFTD3 的程序安装非常简单
1. 在linux下面 解压程序包 tar zxvf dftd3.tgz
2. 将Makefile里面的fortran编译器改成你机器上安装的，如果你的机器恰好装的是ifort，此过程忽略
3. make
出现dftd3 装好了。

gaussian默认的坐标我不知道dftd3是不是支持，如果不支持，改成.xyz格式,比如你用 B3LYP优化，
然后
dftd3 ***.xyz -func b3-lyp -zero
就可以了。
这些程序附件的说明书里都写的很清楚，说明书非常短，正文只有4页半，为什么不看一下呢？
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liweiyi123456
6楼2013-07-26 09:01:30
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千字文

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by kjsun at 2013-07-26 09:01:30
DFTD3 的程序安装非常简单
1. 在linux下面 解压程序包 tar zxvf dftd3.tgz
2. 将Makefile里面的fortran编译器改成你机器上安装的，如果你的机器恰好装的是ifort，此过程忽略
3. make
出现dftd3 装好了。

...

请问一下，如何将Makefile里面的fortran编译器改成机器上安装呀？
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8楼2014-06-21 14:40:49
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haoguoyu

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
9楼2014-06-28 15:29:29
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wzwanglab

至尊木虫 (职业作家)

皇帝
可以优化
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10楼2014-06-29 08:28:30
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