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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » RNA提取电泳效果不好
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longrna

新虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by lmcyjxs at 2013-07-24 16:27:13
应该是有DNA污染的，这个看上去不像是制胶的问题，当然不反对有这个因素，另外，我也想提几个问题，希望可以一起探讨下：
  1 有些泳道，我看也不像降解，比如第一个图的第四五个样品，从亮度比例看，质量是不错， ...

共同探讨
1、提取RNA电泳出现多条带这种现象是跟样品（物种以及物种所处生长时期）有关。有些物种28S非常弱，电泳上样量少甚至看不到，造成所提RNA只有一条18S的假象。也有一些物种存在大量其他细胞器（如叶绿体等）的RNA。或者是一些RNA转录前体等....
2、如果此样品蛋白含量多可以减少样品用量。但在加氯仿振荡混匀这一步必须充分，或可以使用用氯仿抽提两次对去蛋白有帮助。
3、我觉得如果是机械力造成的断裂应该是随机的，即断裂后的片段大小应该是随机的（即迷散，1000nt  601nt 399nt 400nt 600nt....）。断成同一个长度的可能性不大。多带表明片段大小是一致的。（参考基因组DNA提取，如果真正操作剧烈提出来是拖尾，即主带以下弥散，很少见基因组提取出来是多条带的吧？）
4、非常赞同。

纯属个人意见，各位大神指教。
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伟大航线....
11楼2013-07-25 09:18:19
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谢开龙

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 306495799 at 2013-07-24 08:37:01
我是在-80放置，取出放液氮中，一个个拿出来提取RNA的，用的1mL trizoL，室温放置40min，，之后就是氯仿3min，4℃，12000离心10min，然后500uL异丙醇10min，4℃，12000离心10min，再75%乙醇洗涤沉淀，晾干20min，d ...

我一般都拿个秒表，涡旋1min........
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12楼2013-07-25 12:27:28
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lmcyjxs

金虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by longrna at 2013-07-25 09:18:19
共同探讨
1、提取RNA电泳出现多条带这种现象是跟样品（物种以及物种所处生长时期）有关。有些物种28S非常弱，电泳上样量少甚至看不到，造成所提RNA只有一条18S的假象。也有一些物种存在大量其他细胞器（如叶绿体等 ...

你好！很高兴与你探讨，学习了！
同意第二条及第三条，至于第一条，我自己倒真的是学习了！我有看过提取叶子类的RNA往往会出现多条带的，因为含大量叶绿体的缘故。
如果基于第一条说的情况，考虑到蛋白污染是常有的，只要不足以干扰实验就好，只是不知道楼主的实验目的是什么了。
因此，我觉得楼主的RNA测纯度OK，其实就可以往下做做看了。从楼主的OD值来看，有些质量是可以的，可以挑比较好的值抓紧往下做，你觉得呢？
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思路决定出路。。。
13楼2013-07-25 12:58:39
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