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baijw559

木虫 (小有名气)

[交流] 请教CIF文件中的几个A类和B类错误

小弟刚刚才开始做晶体,有些菜,呵呵.解的晶体里的水上的氢与氧的键长不符合正常的键长.用什么命令能处理了.所以出现以下A类和B类错误.希望高手能以帮助,谢谢了.


Alert level A
PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent    H     Ueq(max)/Ueq(min) ...      10.00 Ratio
PLAT223_ALERT_4_A Large Solvent/Anion  H     Ueq(max)/Ue(min) ...       8.23 Ratio
PLAT355_ALERT_3_A Long    O-H Bond (0.82A)   O1W    -   H21    ...       1.13 Ang

Alert level B
PLAT201_ALERT_2_B Isotropic non-H Atoms in Main Residue(s) .......   1      

PLAT417_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-D       H16    ..  H16     ..       2.05 Ang.

[ Last edited by baijw559 on 2007-10-30 at 21:00 ]
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lanmao20

金虫 (正式写手)

好像可以用himp命令。。。
2楼2007-10-31 08:26:09
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douvei

金虫 (正式写手)

加氢的方式不合适,请检查
欢迎访问无机超分子论坛: http://15151.5d6d.com/ 晶体解析/软件下载/超分子配位化学-应有尽有!!! 晶体论坛小木虫博客 http://blog.emuch.net/134386/
3楼2007-10-31 11:12:16
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paopaomeng

铁杆木虫 (著名写手)

把加的氢删掉重新加,在ins里加dfix命令限制一下,再修几次就ok了
经历了“删除门”,有点晕!
4楼2007-10-31 22:16:33
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baijw559

木虫 (小有名气)

首先,非常感谢楼上的三位兄弟.我的晶体上的氢是在解过程中在氧的旁边出来的Q峰命名的,是不是在氧上加氢的方法有好多种了,还有就是lanmao20兄弟你说的用himp命令是怎么用了,有哪为兄弟能告下小弟了.谢谢了.
5楼2007-11-02 09:29:17
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lanmao20

金虫 (正式写手)

加氢一般有理论加氢和利用q峰加两种吧,一般溶剂上的氢都是寻峰加的,有的键长会很长啊很短阿之类的,楼上说用dfix就可以固定键长,而himp也是按照标准制进行靠近吧,差不多这个作用吧,呵呵呵,我也不是很熟悉,汗。。。
6楼2007-11-05 16:42:35
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