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后悔无期

金虫 (小有名气)

[求助] 测序

为什么测序出来的结果会含有大量重复序列，并且都是载体的序列？
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别回忆，因为回不去。把眼泪留给最疼你的人，把微笑留给伤你最深的人。
1楼 2013-07-11 07:49:21
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longrna

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, Gifts of roses, there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-07-11 18:11:11
后悔无期: 金币+5 2013-07-12 06:53:48
测的是质粒？
根据你用的是什么测序引物，从载体上可以看到是从哪个位置开始测出。
你也可以用比较靠近插入片段的测序引物，这样测出来的载体上的序列就少一些。sanger测序一般测600bp可信。
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伟大航线....
2楼2013-07-11 08:40:01
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后悔无期

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longrna at 2013-07-11 08:40:01
测的是质粒？
根据你用的是什么测序引物，从载体上可以看到是从哪个位置开始测出。
你也可以用比较靠近插入片段的测序引物，这样测出来的载体上的序列就少一些。sanger测序一般测600bp可信。

M13R .M13F 引物为mix检测引物，然后拿菌液测序，结果结果含许多重复序列，而且NCBI上比对都为载体序列！   
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别回忆，因为回不去。把眼泪留给最疼你的人，把微笑留给伤你最深的人。
3楼2013-07-11 15:53:06
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nxguojunxian

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励帮助楼主分析问题！ 2013-07-12 00:10:47
后悔无期: 金币+5 2013-07-12 06:53:36
如果都是载体序列只能说明一个问题，就是这个克隆是空载，建议不要在这个克隆上浪费太多时间，建议：
1  是不是用的蓝白斑筛选，如果蓝白斑不明显，重新挑取多个克隆，做完菌落PCR后再测序。
2  送样之前做一下酶切鉴定，切出目的条带的再拿去测序。以免耽误时间。
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4楼2013-07-11 21:58:26
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longrna

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 后悔无期 at 2013-07-11 15:53:06
M13R .M13F 引物为mix检测引物，然后拿菌液测序，结果结果含许多重复序列，而且NCBI上比对都为载体序列！    ...

什么叫Mix检测引物？你不会是把M13R与M13F混合再送测序吧？
测序只能用单引物呵。如果没有特殊要求，或者你告诉测序公司载体以及酶切位点，他们会帮你选测序引物的。
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伟大航线....
5楼2013-07-12 08:30:53
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