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模拟出错
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我用gromacs模拟A分子与四个B分子在水中作用情况，希望能得到他们之间相互作用能，他们是能形成氢键的，因此也希望得到他们形成了几个氢键。模拟到这部出现问题了，请大家帮我看看是什么问题，该怎么解决，虽然gromacs也给出了错误，不过我还是没怎么弄清楚。谢谢大家了 Reading file nvt.tpr VERSION 4.0.7 Starting mdrun ‘DRG and DR in water’ 50000 steps, 100ps Warning: 1-4 interraction between 71 and 74 at distance 2.297 while is larger than the 1-4 table size 2.000nm These are ignored for the rest of the simulation This usually means your syetem is exploding If not ,you should increase table-extension in your mdp file or with user tables increacs the table size |
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