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xianhuiduo至尊木虫 (职业作家)
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[交流]
请教CIF文件中的两个C级错误
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由于刚刚开始做这方面的工作，无法解决，敬请各位大侠帮忙，先谢了！！！ 由于本人对此不是很熟悉，所以还请大家说的尽量说的详细些。 再次感谢！！！！！ Check CIF 时有5个C级错误，请帮忙解决下面两个 （1） PLAT245_ALERT_2_C U(iso) H2WB Smaller than U(eq) O2W by ... 0.02 AngSq 关于该错误的说明：PLAT245 Type_2 Test for unusually low H-U(eq) as compared with bonded atom U(iso) of a hydrogen atom is generally expected to be greater than the U(eq) of the non-hydrogen atom it is attached to. （2）PLAT790_ALERT_4_C Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd. # 2 关于该错误的说明：PLAT790 Type_4 Test Whether C.G. Residue in Unitcell Box Unless for a good reason, molecular species should be transformed (by symmetry and/or translation) so that their centres of gravity are close to or within the unitcell bounds. This is a strict rule for the main species. Deviations from this general rule are for smaller additional species when relevant for intermolecular interactions with the main species. [ Last edited by xianhuiduo on 2008-4-6 at 13:14 ] |
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changlianze
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2楼2007-10-26 19:45:11
xianhuiduo
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seasedoctor(金币+2,VIP+0):恭喜你解决了问题，更谢谢你分享经验。
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感谢changlianze 提供的建议 （1）把O2w占有率改为半个，会产生新的错误，而且编辑会重新提起。 （2）用Sgen长出同样的原子，效果是一样的，（本身是一个对称结构，长出一半，删除别一半，grow后还是原来的） 忙了两天，总算把问题解决了 第一个错误 是由于自己解时的错误，把水上氢的温度因子改为-1.5就解决了 第二个用move 命令移动原子 Move指令的使用格式为： MOVE dx dy dz sign 其中sign为+1或-1 由于结晶学中单胞是沿坐标轴扩展的，因而dx,dy,dz取任何整数都是可以的，对于有心 空间群，sign可以为+1，也可以为-1，对于无心空间群，sign取-1表示着手性的转换。 另外在三斜，单斜，正交晶系中，dx，dy，dz取0.5也是可以的。这个移动除了使用于无 心空间群中的手性转化之外，主要使用于坐标位置的合理化，通常情况下，我们希望原 子坐标位于0～1之间，坐标中出现-1.*是极其不合适的。 如假设原子表中有下列原子： MOVE –2 0 0 1 /后续原子坐标变为：-2+x, y, z S 4 2.19020 0.68142 0.74046 11.00000 0.04137… MOVE 2 0 0 1 /后续原子坐标变为：2+x, y, z O1 3 -1.84317 0.41119 0.62891 11.00000 0.05972… MOVE 0 0 0 1 /后续原子坐标不变，即x, y, z O2 3 0.66541 0.80267 0.67639 11.00000 0.04501… |
3楼2007-10-28 17:57:14