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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » 模拟分子晶体的第一原理软件
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leila3409

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 模拟分子晶体的第一原理软件

各位，请问哪些个第一原理软件可以较好描述分子间相互作用及氢键？尤其是C/H/O/N之类元素的？

欢迎做生物分子的朋友们给点建议！

我关心的是分子晶体，可能比做生物的更多考虑分子间的相互作用；但是能有较好处理氢键的推荐，已经是很感激了！

刚刚开始新的领域，请各位大侠不吝赐教，谢谢！
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1楼 2013-07-04 15:30:30
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这个要求好像蛮高
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2楼2013-07-04 18:29:11
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lucaca

铁杆木虫 (著名写手)
MS不可以吗？
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3楼2013-07-05 05:26:58
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辉zqh

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ms应该蛮好的，要不ADF试试
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4楼2013-07-05 06:08:14
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leila3409

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 辉zqh at 2013-07-05 06:08:14
ms应该蛮好的，要不ADF试试

MS只是一个集中各个软件的平台。具体用哪个模块呢？
ADF处理弱相互作用很强么？
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5楼2013-07-05 09:56:59
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naohjohn

禁虫 (小有名气)
★
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本帖内容被屏蔽
6楼2013-07-05 15:27:26
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jianying8996

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
学习来了，这个是不是要看软件的basis?
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7楼2013-07-07 09:49:34
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baoyuan6969

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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leila3409: 金币+10 2013-07-19 09:09:42
这要看你用什么方法了，很多软件可以选择。氢键很多方法都可以描述的比较好，vdw比较难一些，不过现在很多软件里已经有考虑vdw的修正了。
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8楼2013-07-11 21:48:57
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
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leila3409: 金币+10, 谢谢！ 2013-07-19 09:09:34
CHNO体系及其氢键作用的话，采用DFT的GGA（BLYP, PBE）即可获得合理结果。
支持这一理论的第一原理计算软件很多，可以说几乎所有的第一原理软件都可以，CPMD, cp2k, quantum espresso, MS中的VASP， CASTEP等等。
虽然我没有用过MS，但商业软件一般来说比较容易上手。
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9楼2013-07-19 08:40:39
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baoyuan6969

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by ChemiAndy at 2013-07-19 08:40:39
CHNO体系及其氢键作用的话，采用DFT的GGA（BLYP, PBE）即可获得合理结果。
支持这一理论的第一原理计算软件很多，可以说几乎所有的第一原理软件都可以，CPMD, cp2k, quantum espresso, MS中的VASP， CASTEP等等。
...

算弱作用，DFT-D才是王道。
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10楼2013-07-24 22:46:33
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