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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » Ag体内做vc-relax出错，不知怎样改参数？
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司马星空

银虫 (初入文坛)

[求助] Ag体内做vc-relax出错，不知怎样改参数？

自己做了Ag原子的赝势，想测试下VC-relax的晶格常数变化大不大。可是有些错误，不知道怎么样修改参数。
&control
   calculation='vc-relax'
    restart_mode='from_scratch',
    pseudo_dir = '/',
    outdir='/',
    prefix='Ag'
/
&system
   ibrav= 2, celldm(1) =7.7290
    nat=1, ntyp=1,
    ecutwfc =45
    occupations='smearing', smearing='methfessel-paxton', degauss=0.04
/
&electrons
  mixing_beta = 0.4
   mixing_ndim =12
   conv_thr =  1.0d-8
diagonalization ='cg'
/
&ions
   upscale=10
/
&CELL
   cell_dynamics = 'bfgs' ,
   press = 0.00 ,
cell_dofree='xyz',
/
ATOMIC_SPECIES
Ag  107.9 Ag.rel-pbe.newUPF
ATOMIC_POSITIONS  
Ag       0.00000000  0.00000000   0.00000000
K_POINTS (automatic)
8 8 8 0 0 0

输出结果：
CELL_PARAMETERS (alat=  7.72900000)
  -0.507305951   0.003652975   0.496347025
  -0.003652975   0.507305951   0.496347025
  -0.503652975   0.503652975  -0.007305951

ATOMIC_POSITIONS (alat)
Ag       0.000000000   0.000000000   0.000000000



%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
     from checkallsym : error #         2
     not orthogonal operation
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
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1楼 2013-07-01 20:47:28
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chuanghua304

禁虫 (职业作家)
★
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2013-07-04 10:06:37
本帖内容被屏蔽
2楼2013-07-02 14:34:58
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sunyang1988: 金币+2, 谢谢帮助 2013-07-04 10:06:46
sunyang1988: 应助指数+1 2013-07-04 10:07:05
楼主的基矢（CELLDM和IBRAV)和原子坐标设置都是合适的，因为计算的是fcc的Ag原胞。
出现这样的错误，是vc-relax计算时最常见的，由于对称性检查的问题。

你可试试改用 ibrav=0,另外手动设置初始的fcc的晶格基矢在输入文件中：
CELL_PARAMETERS {alat}
  -0.507305951   0.003652975   0.496347025
  -0.003652975   0.507305951   0.496347025
  -0.503652975   0.503652975  -0.007305951

你要计算晶格常数的话，还是最好按计算一组“晶格常数--总能”的数据之后进行拟合得到最优的晶格常数，这样的方式来做。
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3楼2013-07-02 16:01:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

souledge

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 专家考核, 谢谢交流 2013-07-04 10:07:36
因为FCC的Primitive Cell的a, b, c三轴的夹角为60度，而不是90度，所以当LZ使用&cell下的cell_dofree = 'xyz'时，就是固定了三个角度，就会出现角度不正交的毛病。
换句话说，想要固定角度， 除非是三个90度角，否则在QE中就会出现正交错误，并在第一个SCF后结束vc-relax的计算。当然，是否有方法克服这个直接设置cell_dofree的问题，个人暂时不清楚。所以这并不表示QE就一定不能固定至少有一个非90的角。
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思想重于技巧，内涵重于表象
4楼2013-07-02 18:34:30
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souledge

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

顺便补一句官方对于cell_dofree参数的解释：
引用回帖:
BEWARE: if axis are not orthogonal, some of these options do not work ( symmetry is broken). If you are not happy with them, edit subroutine init_dofree in file Module/cell_base.f90
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思想重于技巧，内涵重于表象
5楼2013-07-02 18:38:39
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
sunyang1988: 金币+1, 专家考核, 谢谢交流 2013-07-04 10:07:53
引用回帖:
4楼: Originally posted by souledge at 2013-07-02 19:34:30
因为FCC的Primitive Cell的a, b, c三轴的夹角为60度，而不是90度，所以当LZ使用&cell下的cell_dofree = 'xyz'时，就是固定了三个角度，就会出现角度不正交的毛病。
换句话说，想要固定角度， 除非是三个90度角 ...

你说的cell_dofree='xyz'是一个问题，不适用于FCC。改用cell_dofree='all'试试。
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6楼2013-07-02 20:14:12
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chuanghua304

禁虫 (职业作家)
★
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2013-07-04 10:08:06
本帖内容被屏蔽
7楼2013-07-02 22:34:19
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司马星空

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by valenhou001 at 2013-07-02 20:14:12
你说的cell_dofree='xyz'是一个问题，不适用于FCC。改用cell_dofree='all'试试。...

谢谢各位。cell_dofree='all' 测试过是可行的。我后来想了一下，把Ag体内的原胞取成了简单立方ibrav=1 ，
ATOMIC_POSITIONS  
Ag  0.00000000  0.00000000   0.00000000
Ag  0.50000000  0.50000000   0.00000000
Ag  0.00000000  0.50000000   0.50000000
Ag  0.50000000  0.00000000   0.50000000
能正常运行，输出结果：

CELL_PARAMETERS (alat=  7.72900000)
   1.024584086   0.000000000   0.000000000
   0.000000000   1.024584086   0.000000000
   0.000000000   0.000000000   1.024584086
基矢变了，说明晶格常数也变了，变化后的应该是7.729*1.024584086，不知道这样是否有问题？
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8楼2013-07-05 10:14:13
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
是可以的。
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9楼2013-07-05 10:32:54
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