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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 想知道一个分子的大小，大概的体积，长宽高多少nm?
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chen0mao

木虫 (职业作家)

[求助] 想知道一个分子的大小，大概的体积，长宽高多少nm?

没接触过这方面，做实验用到一个分子，想知道它具体大概的尺寸，数量级在哪个范围，都说可以用高斯优化后计算，但是高斯不会用，请达人帮忙算下！想知道一个分子的大小，大概的体积，长宽高多少nm?
tanic acid.gif[ Last edited by chen0mao on 2013-6-28 at 09:53 ]
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    • 2013-06-28 09:53:00, 664.91 K

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1楼 2013-06-28 09:47:39
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SUMMER63

新虫 (初入文坛)
您好，请问您这现在知道这个分子的尺寸大小了吗？现在也被困住，麻烦您告诉我一下吧，谢谢
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12楼2019-11-21 19:34:42
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你有这个分子的坐标文件吗？
如果有的话，就非常简单，不用算，导入到VMD 中然后输入命令：

set all [atomselect top all]
set minmax [measure minmax $all]

这样就得到了大概的范围
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2楼2013-06-28 10:37:04
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997884095

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 赞，此法可行！ 2013-06-28 16:20:32
搞到chemdraw里面3D模型，量下就知道大概尺度了
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wangmingqi
4楼2013-06-28 15:59:23
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ckm840529

铁杆木虫 (著名写手)

I love science!

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-30 08:21:21
大概体积数量级估计在10 nm^3左右啦。至于长宽高要看分子的构象啦！
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行胜于言!科学求真，社会求善，艺术求美!
5楼2013-06-29 08:31:55
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