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haoguoyu

禁虫 (正式写手)
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MDs-Gromacs pymol/VMD/Origin

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1楼 2013-06-19 11:01:01
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haoguoyu

禁虫 (正式写手)
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2楼2013-06-19 11:02:39
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-19 14:34:14
先在温度T1跑若干步，停掉，温度改为T2>T1，跑若干步，。。。一直到T=300K。估计就是这么做的。
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3楼2013-06-19 13:11:53
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-19 14:34:23
你用的什么软件?NAMD中有个temperature rescaling功能 用这个就可以实现了
系综是针对平衡模拟而言的,非平衡模拟不应该这么叫  具体是要恒容还是要恒压是看你的体系的   怎样更接近实验体系就怎样弄
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4楼2013-06-19 14:16:23
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-06-19 13:11:53
先在温度T1跑若干步，停掉，温度改为T2>T1，跑若干步，。。。一直到T=300K。估计就是这么做的。

肯定是这么干的，除此之外别无他法。系综用nvt和npt都可以。
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5楼2013-06-20 08:27:29
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zjgtzj

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-06-19 14:16:23
你用的什么软件?NAMD中有个temperature rescaling功能 用这个就可以实现了
系综是针对平衡模拟而言的,非平衡模拟不应该这么叫  具体是要恒容还是要恒压是看你的体系的   怎样更接近实验体系就怎样弄

例如：
reassignFreq    10000
reassignTemp    273
reassignIncr    4
reassignHold    473

表示从273k起每10000步升一次温，每次升4k，到473k为止，后面的保持473k
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6楼2013-06-20 10:46:26
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emrecoba

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

编个脚本让计算机跑，很简单的。这种方法在模拟大分子体系的时候很常见，因为怕体系温度一开始就太高的话系统容易崩溃。
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7楼2013-06-26 13:11:40
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