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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求pANT1201图谱
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appletree-

新虫 (小有名气)

[求助] 求pANT1201图谱

最近要把基因导入pANT1201中，迫切需要它的图谱。不胜感激！
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1楼 2013-06-19 08:39:57
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slotsma

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+1, 鼓励发帖应助！ 2013-06-19 18:29:32
appletree-: 金币+2, ★有帮助 2013-06-19 22:10:20
NCBI上有它的序列，而且有注释http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AY072039.1
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2楼2013-06-19 18:17:47
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appletree-

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by slotsma at 2013-06-19 18:17:47
NCBI上有它的序列，而且有注释http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AY072039.1

可是怎么看它的翻译起始位点呀？设计引物时担心移码问题
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3楼2013-06-19 22:10:47
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
appletree-: 金币+3, ★有帮助 2013-06-20 20:10:54
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-24 21:39:33
启动子P2与多克隆位点之间没有RBS和起始密码子，不用考虑移码的问题，而要考虑自带RBS。
可以在多克隆位点插入外源基因，比如以EcoRI，BamHI插入，起始密码子ATG应该在EcoRI这边，并且ATG与EcoRI之间应该有RBS。
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为什么
4楼2013-06-20 09:13:29
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appletree-

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 547star at 2013-06-20 09:13:29
启动子P2与多克隆位点之间没有RBS和起始密码子，不用考虑移码的问题，而要考虑自带RBS。
可以在多克隆位点插入外源基因，比如以EcoRI，BamHI插入，起始密码子ATG应该在EcoRI这边，并且ATG与EcoRI之间应该有RBS。

哦，那么我设计的上游引物是在外源基因atg前面5个碱基，肯定没有包含RBS吧？会不会导致外源基因不翻译？RBS怎么加？谢谢！
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5楼2013-06-20 20:10:42
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
appletree-: 金币+1, ★有帮助 2013-06-21 21:58:31
引用回帖:
5楼: Originally posted by appletree- at 2013-06-20 20:10:42
哦，那么我设计的上游引物是在外源基因atg前面5个碱基，肯定没有包含RBS吧？会不会导致外源基因不翻译？RBS怎么加？谢谢！...

可以先试试克隆表达，或者重新设计引物加上宿主常用的RBS序列。比如大肠杆菌可以用AGGA为核心的嘌呤序列GAAGGAGA。ATG到RBS的距离，在大肠杆菌是7-9为最合适距离。
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为什么
6楼2013-06-20 21:05:18
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appletree-

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 547star at 2013-06-20 21:05:18
可以先试试克隆表达，或者重新设计引物加上宿主常用的RBS序列。比如大肠杆菌可以用AGGA为核心的嘌呤序列GAAGGAGA。ATG到RBS的距离，在大肠杆菌是7-9为最合适距离。...

我看了一下pANT1201载体，它的TSP上游7-11bp为AGGAG,是不是意味着它自身有RBS序列？文献中说它是一个表达载体
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7楼2013-06-21 22:01:28
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
appletree-: 金币+1 2013-06-23 14:57:22
引用回帖:
7楼: Originally posted by appletree- at 2013-06-21 22:01:28
我看了一下pANT1201载体，它的TSP上游7-11bp为AGGAG,是不是意味着它自身有RBS序列？文献中说它是一个表达载体...

我没看文献，也没用过这个载体，单纯分析图谱的。因为原来标的启动子是到ATG的位置，所以，误以为没有RBS和ATG，看了你的帖子，刚才BLAST分析找到相似序列，确认RBS-ATG是在序列GAGGAGTCATCGATGCGCATG这，两个ATG间隔1个密码子，从RBS序列看，应该是前面这个ATG是起始密码子，不过一直到后面这个ATG都是snpA的相似序列。如果以EcoRI插入，要注意读码是否正确，因为距离ATG不是3的倍数。
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为什么
8楼2013-06-21 23:33:28
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appletree-

新虫 (小有名气)
好的，非常感谢。
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9楼2013-06-22 22:36:36
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appletree-

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 547star at 2013-06-21 23:33:28
我没看文献，也没用过这个载体，单纯分析图谱的。因为原来标的启动子是到ATG的位置，所以，误以为没有RBS和ATG，看了你的帖子，刚才BLAST分析找到相似序列，确认RBS-ATG是在序列GAGGAGTCATCGATGCGCATG这，两个ATG间 ...

好滴 非常感谢
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10楼2013-06-23 14:57:15
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