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lmcyjxs

金虫 (正式写手)

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[求助] 大牛来指点下啊~CDS区到底含不含内含子？看了相关的帖反而把我搞糊涂了

各位大侠，我要崩溃了，不是说我没之前没看过帖，而是看了帖之后把我搞混了。
   1 CDS区到时含不含内含子？有一个老师说不含，一个说含，我看了论坛，两种说法我都好像看过。我认为是不含的。
   2 如果CDS区不含内含子，有些基因在NCBI里查到的，标题上注明是全长CDS区，但下面的注释里却显示含有很多个CDS区，基因序列也显示含有多个CDS区，如图1，难道CDS区真含有内含子才是正解？但为什么我克隆了一个基因，反转录得到的，不含内含子了，获得的基因就跟图1情况一样，终止密码子还更多，导致多个CDS区存在，怎么会这样呢？如图2
   3 若在一个基因序列里，含有多个CDS区（就是在多个不同位置含终止密码子），连接到表达载体是不是指翻译其识别的第一个CDS？

1.jpg

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思路决定出路。。。

1楼 2013-06-14 16:15:35

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lmcyjxs

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引用回帖:

29楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-06-23 11:54:45
“ 因为反转录的时候，已经有同时用到Oligo（dT）和Ramdom 6 mers引物了，理论上Oligo（dT）引物可以将mRNA调取出来，即反转录液里就算有DNA的污染，应该也会有cDNA存在而扩到不含内含子的CDS的，可是我的PCR产物里 ...

您分析的：“因为你的转录本是没有在细胞内经过了转录后加工的，也就是说完全有可能存在内含子序列。所以在反转录时要用没有内含子序列的DNA。”因此我提取RNA，然后反转录后，再用自己的特异性引物来扩增。
就因为我这么做了，但纠结于为什么自己采用cDNA为模板，扩出来的会是含内含子的基因组序列，无法继续做下面的蛋白表达实验。理论上，我采用了cDNA为模板，不该含内含子，扩出来的应该是CDS全长，电泳结果应该如目的片段2。