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hyudlut铁杆木虫 (正式写手)
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[求助]
WHAM怎么做呢
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谁能教教我WHAM是什么呢，具体说说好吗？和求PMF有什么关系呢？要怎么做才能做出来呢？看文献一讲到这里都是公式，如果想求要怎么做才好呢？求大神解答啊！！！拜托啦！！ 还有用lammps怎么求呢？ |
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【答案】应助回帖
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hyudlut: 金币+10, ★★★很有帮助, 用其他软件应该怎么做呢？我用的是lammps也可以做吗？ 2013-06-10 08:49:52
感谢参与，应助指数 +1
hyudlut: 金币+10, ★★★很有帮助, 用其他软件应该怎么做呢？我用的是lammps也可以做吗？ 2013-06-10 08:49:52
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1、WHAM 简单说就是伞状采样 2、用这种方法求PMF, gromacs 手册里解释g_wham 句话 “This is an analysis program that implements the Weighted Histogram Analysis Method (WHAM). It is intended to analyze output files generated by umbrella sampling simulations to compute a potential of mean force (PMF).” 我觉得这里介绍的还是挺清楚的，楼主不妨看看 3、gromacs用这种方法求PMF 的教程在这里：http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... umbrella/index.html 4、还有一篇文献你也可以看看：Molecular dynamics study of the effect of cholesterol on the properties of lipid monolayers at low surface tensions |
2楼2013-06-09 08:22:35