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czdaeq

铜虫 (著名写手)

[求助] 恶臭假单胞杆菌胞外葡萄糖生成葡糖糖酸需要NADP吗

恶臭假单胞杆菌葡萄糖代谢的途径中,有一条途径是胞外葡萄糖经脱氢酶生成葡萄糖酸,葡萄糖酸在进入胞内,求教胞外葡萄糖经脱氢酶生成葡萄糖酸的过程有NADP参与生成NADPH吗?
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czdaeq

铜虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 冰峰掠过 at 2013-06-06 17:19:01
那应该问问模型构造者,这里是什么情况,填补gap还是?...

开始觉得是模型构造中的错误,想找人问问,看来大家也不清楚,我已经发邮件问作者了
6楼2013-06-06 20:41:05
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冰峰掠过

金虫 (小有名气)

不晓得


czdaeq(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,感谢你的慷慨解囊,期待你的精彩。 2013-06-07 08:50:05
这个反应很陌生,这个菌也不很熟悉啊。
不过,我觉着你可以试试去KEGG上查查催化这个反应的酶,直接搜索,看看有没有其他研究较透彻的模式生物(估计E.coli是没有这个胞外反应的)含有这个酶,然后收收这个生物的文献,看看有没有关于碳分解利用方面的Paper(估计也没有人专门关注这步反应,但可能会被一笔提及)。
医疗器械注册
2楼2013-06-06 16:54:28
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冰峰掠过

金虫 (小有名气)

不晓得

还有就是,以前学生物信息学的时候,老师提过几个反应数据库,你看看能不能查到这个反应的编号,再查查有哪些详细点的反应数据库,一一搜索。看看几个库,对这个反应是怎么描述的,有没有NADP=NADPH的变化?
医疗器械注册
3楼2013-06-06 16:56:49
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czdaeq

铜虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 冰峰掠过 at 2013-06-06 16:54:28
这个反应很陌生,这个菌也不很熟悉啊。
不过,我觉着你可以试试去KEGG上查查催化这个反应的酶,直接搜索,看看有没有其他研究较透彻的模式生物(估计E.coli是没有这个胞外反应的)含有这个酶,然后收收这个生物的文 ...

谢谢你,我也查数据库了,没有NADP的参与,是辅酶Q参与的,但是代谢网络模型中这个反应是有NADP参与的,文献里目前也没有查到,我是做模型的,这个反应有没有NADP参与差别挺大的,所以想搞清楚
4楼2013-06-06 17:05:21
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