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czdaeq

铜虫 (著名写手)

[求助] 恶臭假单胞杆菌胞外葡萄糖生成葡糖糖酸需要NADP吗

恶臭假单胞杆菌葡萄糖代谢的途径中，有一条途径是胞外葡萄糖经脱氢酶生成葡萄糖酸，葡萄糖酸在进入胞内，求教胞外葡萄糖经脱氢酶生成葡萄糖酸的过程有NADP参与生成NADPH吗？
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1楼 2013-06-06 16:20:31
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冰峰掠过

金虫 (小有名气)

不晓得
★
czdaeq(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，感谢你的慷慨解囊，期待你的精彩。 2013-06-07 08:50:05
这个反应很陌生，这个菌也不很熟悉啊。
不过，我觉着你可以试试去KEGG上查查催化这个反应的酶，直接搜索，看看有没有其他研究较透彻的模式生物（估计E.coli是没有这个胞外反应的）含有这个酶，然后收收这个生物的文献，看看有没有关于碳分解利用方面的Paper（估计也没有人专门关注这步反应，但可能会被一笔提及）。
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2楼2013-06-06 16:54:28
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冰峰掠过

金虫 (小有名气)

不晓得
还有就是，以前学生物信息学的时候，老师提过几个反应数据库，你看看能不能查到这个反应的编号，再查查有哪些详细点的反应数据库，一一搜索。看看几个库，对这个反应是怎么描述的，有没有NADP=NADPH的变化？
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3楼2013-06-06 16:56:49
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czdaeq

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 冰峰掠过 at 2013-06-06 16:54:28
这个反应很陌生，这个菌也不很熟悉啊。
不过，我觉着你可以试试去KEGG上查查催化这个反应的酶，直接搜索，看看有没有其他研究较透彻的模式生物（估计E.coli是没有这个胞外反应的）含有这个酶，然后收收这个生物的文 ...

谢谢你，我也查数据库了，没有NADP的参与，是辅酶Q参与的，但是代谢网络模型中这个反应是有NADP参与的，文献里目前也没有查到，我是做模型的，这个反应有没有NADP参与差别挺大的，所以想搞清楚
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4楼2013-06-06 17:05:21
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冰峰掠过

金虫 (小有名气)

不晓得
引用回帖:
4楼: Originally posted by czdaeq at 2013-06-06 17:05:21
谢谢你，我也查数据库了，没有NADP的参与，是辅酶Q参与的，但是代谢网络模型中这个反应是有NADP参与的，文献里目前也没有查到，我是做模型的，这个反应有没有NADP参与差别挺大的，所以想搞清楚...

那应该问问模型构造者，这里是什么情况，填补gap还是？
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5楼2013-06-06 17:19:01
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czdaeq

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 冰峰掠过 at 2013-06-06 17:19:01
那应该问问模型构造者，这里是什么情况，填补gap还是？...

开始觉得是模型构造中的错误，想找人问问，看来大家也不清楚，我已经发邮件问作者了
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6楼2013-06-06 20:41:05
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