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chengjvn

金虫 (小有名气)

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[求助] PBS作业系统运行molcas软件的脚本

我们实验室最近安装了molcas计算软件，以用户jwen身份安装在目录/home/jwen/molcas78下，可执行脚本molcas放在目录/usr/bin下。目前使用的计算模块主要是seward，scf，rasscf和rassi这四个模块。
我们实验室使用的是PBS作业提交系统，现在要编写一个脚本提交作业。
目前有一个主节点，4个计算节点，每个节点8个cpu。
要编写一个能够实现多节点并行计算的脚本（比如，使用2个计算节点，每个节点使用4个cpu）。
比如现在要计算CaF2:Ce3+体系，输入文件放在目录/home/jwen/caf2下。
输入文件有四个，1_sew.in, 2_scf.in, 3_rasscf.in, 4_rassi.in, 前面三个文件依次计算完之后，再把计算出来的能量值放入第四个输入文件。
或者把这几个输入文件合并成一个输入文件caf2.input。
我在书上molcas的用户手册上看到一个脚本，然后改了一下，写成如下的run.sh脚本：
#!/bin/bash
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -l nodes=2
#PBS -l pmem=3000mb

#### Job settings ####
export MOLCASMEM=2000
export SUBMIT=/home/jwen/caf2
export Project=caf2
export CPUS=8

#### modules ####
. use_modules
module load intel/11.1
module load openmpi/1.4.1/intel/11.1

#### molcas settings ####
export MOLCAS=/usr/bin
export WorkDir=$PWD/tmp

#### run ####
cd $SUBMIT
molcas $Project.input -f
然后在命令行输入./run.sh
[jwen@cluster caf2]$ ./run.sh
结果显示：
./run.sh: line 13: use_modules: No such file or directory
./run.sh: line 14: module: command not found
./run.sh: line 15: module: command not found
***
*** Error: Could not find molcas installation
*** Currently MOLCAS=/usr/bin
请问，这是什么问题，是没有安装好吗，但是感觉安装没什么错误啊，还是其他的原因？
求助各位大侠，作业脚本该怎么改写，或者是安装有问题？非常感谢！！！！

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