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chengjvn金虫 (小有名气)
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PBS作业系统运行molcas软件的脚本
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我们实验室最近安装了molcas计算软件，以用户jwen身份安装在目录/home/jwen/molcas78下，可执行脚本molcas放在目录/usr/bin下。目前使用的计算模块主要是seward，scf，rasscf和rassi这四个模块。 我们实验室使用的是PBS作业提交系统，现在要编写一个脚本提交作业。 目前有一个主节点，4个计算节点，每个节点8个cpu。 要编写一个能够实现多节点并行计算的脚本（比如，使用2个计算节点，每个节点使用4个cpu）。 比如现在要计算CaF2:Ce3+体系，输入文件放在目录/home/jwen/caf2下。 输入文件有四个，1_sew.in, 2_scf.in, 3_rasscf.in, 4_rassi.in, 前面三个文件依次计算完之后，再把计算出来的能量值放入第四个输入文件。 或者把这几个输入文件合并成一个输入文件caf2.input。 我在书上molcas的用户手册上看到一个脚本，然后改了一下，写成如下的run.sh脚本： #!/bin/bash #PBS -l walltime=10:00:00 #PBS -l nodes=2 #PBS -l pmem=3000mb #### Job settings #### export MOLCASMEM=2000 export SUBMIT=/home/jwen/caf2 export Project=caf2 export CPUS=8 #### modules #### . use_modules module load intel/11.1 module load openmpi/1.4.1/intel/11.1 #### molcas settings #### export MOLCAS=/usr/bin export WorkDir=$PWD/tmp #### run #### cd $SUBMIT molcas $Project.input -f 然后在命令行输入./run.sh [jwen@cluster caf2]$ ./run.sh 结果显示： ./run.sh: line 13: use_modules: No such file or directory ./run.sh: line 14: module: command not found ./run.sh: line 15: module: command not found *** *** Error: Could not find molcas installation *** Currently MOLCAS=/usr/bin 请问，这是什么问题，是没有安装好吗，但是感觉安装没什么错误啊，还是其他的原因？ 求助各位大侠，作业脚本该怎么改写，或者是安装有问题？非常感谢！！！！ |
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