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meatball1982

铜虫 (小有名气)

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[求助] tinker　pdbxyz 转xyz时少原子

大家好。我初学tinker.遇到下面的问题。

我有一个pdb文件(为了说明问题，我将各个原子(23个)的位置按照序号进行了设置)。
命名为ser_num.pdb
我用tinker中的pdbxyz 将ser_num.pdb转到xyz文件（23个位置），用的是amoebabio09.prm。没有问题。

现在，我希望将两个ser_num.pdb中的各个原子放在一个新的pdb(ser_ser_num.pdb)当中（新定义了位置和序号，共有46个原子）。并用pdbxyz转换坐标，还是amoebabio09.prm。但是这个过程中，新的xyz文件只剩下34个原子了。

我的问题是：
01.是不是我的新的pdb文件定义有问题？如果是，应该如何定义。
02.如果不是pdb定义的问题，应该如何设置，使得pdbxyz过程中，xyz文件不会少原子。
03.有没有可能是参数文件的问题。

ser_num_pdb.GIF