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meatball1982

铜虫 (小有名气)

[求助] tinker pdbxyz 转xyz时少原子

大家好。我初学tinker.遇到下面的问题。

我有一个pdb文件(为了说明问题,我将各个原子(23个)的位置按照序号进行了设置)。
命名为ser_num.pdb
我用tinker中的pdbxyz 将ser_num.pdb转到xyz文件(23个位置),用的是amoebabio09.prm。没有问题。

现在,我希望将两个ser_num.pdb中的各个原子放在一个新的pdb(ser_ser_num.pdb)当中(新定义了位置和序号,共有46个原子)。并用pdbxyz转换坐标,还是amoebabio09.prm。但是这个过程中,新的xyz文件只剩下34个原子了。

我的问题是:
01.是不是我的新的pdb文件定义有问题?如果是,应该如何定义。
02.如果不是pdb定义的问题,应该如何设置,使得pdbxyz过程中,xyz文件不会少原子。
03.有没有可能是参数文件的问题。tinker pdbxyz 转xyz时少原子
ser_num_pdb.GIF


tinker pdbxyz 转xyz时少原子-1
ser_num_xyz.GIF


tinker pdbxyz 转xyz时少原子-2
ser_ser_num_pdb.GIF


tinker pdbxyz 转xyz时少原子-3
ser_ser_num_xyz.GIF
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  • 附件 1 : ser_num.xyz
  • 2013-05-30 18:15:52, 1.48 K
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  • 2013-05-30 18:15:54, 2.53 K
  • 附件 3 : ser_ser_num.xyz
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唉。还是学吧。
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