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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » gaussian计算红外光谱问题
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lysincerely

木虫 (小有名气)

[求助] gaussian计算红外光谱问题

谢谢大家来帮忙！
小弟用高斯计算烯丙基硫脲的红外光谱，整个过程如下：首先从CCDC1.8中查到allyl thiourea的分子结构，生成mol2的输出文件，用gaussian view导入文件，点击gaussian calculation setup 进行计算，由于分子结构应为标准结构，就没有加opt，执行行如下# freq b3lyp/6-31g geom=connectivity，计算完毕后用view打开log或chk文件，查看vibrations发现有大量虚频且峰值少、对应的振动不对。

备注：加opt的计算结果也大致相同。

请各位大虫指出小弟的错误以及改正的办法，金币不多，谢谢大家！！（附件中有输入文件和输出文件）
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  • 附件 1 : ALYTUR01.mol2
    • 2013-05-28 16:52:11, 1.6 K
  • 附件 2 : freq_b3lyp_6-31g.chk
    • 2013-05-28 16:52:12, 956 K
  • 附件 3 : freq_b3lyp_6-31g.gjf
    • 2013-05-28 16:52:15, 1.08 K
  • 附件 4 : FREQ_B3LYP_6-31G.LOG
    • 2013-05-28 16:52:17, 83.32 K

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1楼 2013-05-28 17:02:29
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yangyanwen9

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lysincerely: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢MM的倾力帮助！我在CCDC中查到了两个烯丙基硫脲，一个是1984年的，一个是1965年的，没想到1984年的这个结构式竟然出错！算了一下1965年的，未出现虚频，但峰值对应有些问题。我现在打算用mercury读出该结构的内坐标，在gaussian view里面画图再opt+freq，不知可不可行? 2013-05-30 09:41:59
我是个低手，但是我认为用量化软件算频率一定是要重新优化结构的。你在CCDC里面查到的是晶体结构，然而高斯模拟的单分子的结构，是有差异的（一般不会很大），而且优化处的稳定结构在各个方向上都最低点，那么就不会有虚频了。我看了你不加opt的情形，虚频大的离谱，如果结构接近最小点应该不会出现这么多这么大的虚频。我仔细看了一下你的分子结构似乎少了个氢吧？是不是？
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2楼2013-05-28 18:06:10
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良衍写意2011

银虫 (正式写手)
求CCDC安装包一个 谢谢
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3楼2013-11-13 22:30:07
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