| 查看: 2345 | 回复: 2 | ||
lysincerely木虫 (小有名气)
|
[求助]
gaussian计算红外光谱问题
|
|
谢谢大家来帮忙！ 小弟用高斯计算烯丙基硫脲的红外光谱，整个过程如下：首先从CCDC1.8中查到allyl thiourea的分子结构，生成mol2的输出文件，用gaussian view导入文件，点击gaussian calculation setup 进行计算，由于分子结构应为标准结构，就没有加opt，执行行如下# freq b3lyp/6-31g geom=connectivity，计算完毕后用view打开log或chk文件，查看vibrations发现有大量虚频且峰值少、对应的振动不对。 备注：加opt的计算结果也大致相同。 请各位大虫指出小弟的错误以及改正的办法，金币不多，谢谢大家！！（附件中有输入文件和输出文件） |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : ALYTUR01.mol2
- 附件 2 : freq_b3lyp_6-31g.chk
- 附件 3 : freq_b3lyp_6-31g.gjf
- 附件 4 : FREQ_B3LYP_6-31G.LOG
2013-05-28 16:52:11, 1.6 K
2013-05-28 16:52:12, 956 K
2013-05-28 16:52:15, 1.08 K
2013-05-28 16:52:17, 83.32 K
» 猜你喜欢
分子筛催化方向 一篇cej共一第一 可以申请上海什么学校呢
已经有4人回复
-
求助共晶分子筛的电镜图分析，有偿
已经有1人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有281人回复
-
中南大学化学化工学院招收电池储能、理论计算方向博士生
已经有16人回复
-
请问哪里可以代烧带压力的炉子？
已经有6人回复
-
关于合成MIL-125的求助
已经有0人回复
-
双非本硕光催化方向想读博，请各位老师看看我！
已经有2人回复
-
瑞典林雪平大学范立洲课题组现招聘博士后、岗位制博士生
已经有0人回复
-
面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！
已经有30人回复
-
中国科大仿生界面材料科学全国重点实验室戴懿涛研究员/江雷院士团队招聘科研助理
已经有0人回复
-
中国科大仿生界面材料科学全国重点实验室戴懿涛研究员/江雷院士团队招聘科研助理
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gaussian可以计算多个分子的红外光谱吗
已经有5人回复
- Gaussian09 溶剂化发射光谱的例子第3步出错
已经有10人回复
- 如何用gaussian软件计算分子的振动光谱？
已经有8人回复
- Gaussian计算拉曼光谱
已经有6人回复
- Gaussian 计算拉曼光谱最后时刻出错
已经有14人回复
- 【交流】振动模式与红外光谱、拉曼光谱的原理与计算问题的讨论
已经有14人回复
- gaussian红外光谱研究中的几个百思不得其解的几个问题
已经有10人回复
- Gaussian算吸收光谱出错问题请教
已经有8人回复
- gaussian 计算得到的荧光光谱选择其最大发射光谱是看f最大对应的吗？
已经有14人回复
- Gaussian计算红外光谱求助...
已经有5人回复
- 化学键的力常数如何获得
已经有17人回复
- Gaussian计算紫外可见吸收光谱结果的解释
已经有5人回复
- 【求助】g03如何计算吸收光谱和荧光光谱的特征峰，命令如何编写
已经有20人回复
yangyanwen9
银虫 (小有名气)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 547.6
- 红花: 4
- 帖子: 51
- 在线: 102小时
- 虫号: 2017652
- 注册: 2012-09-21
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lysincerely: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢MM的倾力帮助！我在CCDC中查到了两个烯丙基硫脲，一个是1984年的，一个是1965年的，没想到1984年的这个结构式竟然出错！算了一下1965年的，未出现虚频，但峰值对应有些问题。我现在打算用mercury读出该结构的内坐标，在gaussian view里面画图再opt+freq，不知可不可行? 2013-05-30 09:41:59
感谢参与，应助指数 +1
lysincerely: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢MM的倾力帮助！我在CCDC中查到了两个烯丙基硫脲，一个是1984年的，一个是1965年的，没想到1984年的这个结构式竟然出错！算了一下1965年的，未出现虚频，但峰值对应有些问题。我现在打算用mercury读出该结构的内坐标，在gaussian view里面画图再opt+freq，不知可不可行? 2013-05-30 09:41:59
| 我是个低手，但是我认为用量化软件算频率一定是要重新优化结构的。你在CCDC里面查到的是晶体结构，然而高斯模拟的单分子的结构，是有差异的（一般不会很大），而且优化处的稳定结构在各个方向上都最低点，那么就不会有虚频了。我看了你不加opt的情形，虚频大的离谱，如果结构接近最小点应该不会出现这么多这么大的虚频。我仔细看了一下你的分子结构似乎少了个氢吧？是不是？ |
2楼2013-05-28 18:06:10
良衍写意2011
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1318.4
- 散金: 2656
- 红花: 6
- 帖子: 301
- 在线: 298小时
- 虫号: 1456950
- 注册: 2011-10-23
- 专业: 制造系统与自动化
3楼2013-11-13 22:30:07
50