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lysincerely木虫 (小有名气)
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[求助]
gaussian计算红外光谱问题
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谢谢大家来帮忙！ 小弟用高斯计算烯丙基硫脲的红外光谱，整个过程如下：首先从CCDC1.8中查到allyl thiourea的分子结构，生成mol2的输出文件，用gaussian view导入文件，点击gaussian calculation setup 进行计算，由于分子结构应为标准结构，就没有加opt，执行行如下# freq b3lyp/6-31g geom=connectivity，计算完毕后用view打开log或chk文件，查看vibrations发现有大量虚频且峰值少、对应的振动不对。 备注：加opt的计算结果也大致相同。 请各位大虫指出小弟的错误以及改正的办法，金币不多，谢谢大家！！（附件中有输入文件和输出文件） |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : ALYTUR01.mol2
- 附件 2 : freq_b3lyp_6-31g.chk
- 附件 3 : freq_b3lyp_6-31g.gjf
- 附件 4 : FREQ_B3LYP_6-31G.LOG
2013-05-28 16:52:11, 1.6 K
2013-05-28 16:52:12, 956 K
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yangyanwen9
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【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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lysincerely: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢MM的倾力帮助！我在CCDC中查到了两个烯丙基硫脲，一个是1984年的，一个是1965年的，没想到1984年的这个结构式竟然出错！算了一下1965年的，未出现虚频，但峰值对应有些问题。我现在打算用mercury读出该结构的内坐标，在gaussian view里面画图再opt+freq，不知可不可行? 2013-05-30 09:41:59
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lysincerely: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢MM的倾力帮助！我在CCDC中查到了两个烯丙基硫脲，一个是1984年的，一个是1965年的，没想到1984年的这个结构式竟然出错！算了一下1965年的，未出现虚频，但峰值对应有些问题。我现在打算用mercury读出该结构的内坐标，在gaussian view里面画图再opt+freq，不知可不可行? 2013-05-30 09:41:59
| 我是个低手，但是我认为用量化软件算频率一定是要重新优化结构的。你在CCDC里面查到的是晶体结构，然而高斯模拟的单分子的结构，是有差异的（一般不会很大），而且优化处的稳定结构在各个方向上都最低点，那么就不会有虚频了。我看了你不加opt的情形，虚频大的离谱，如果结构接近最小点应该不会出现这么多这么大的虚频。我仔细看了一下你的分子结构似乎少了个氢吧？是不是？ |
2楼2013-05-28 18:06:10
良衍写意2011
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