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hou9811铜虫 (小有名气)
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[求助]
优化表面不成功，瞅瞅什么毛病
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我想做TATB超晶胞的粘结剂优化，首先是建立超晶胞，遇到些麻烦，就是建立好（0 0 1)切割面后，用discover优化出现了问题，求大神解释。还有就是怎么把建好的粘结剂放入超晶胞内，是不是建一个和超晶胞一样大小的空晶胞再将分子链放进去，问题是分子链放进去之后能不能旋转，我只能上下移动 不能翻转啊 大哥们 帮帮我吧。老师发话了 做不出来不给毕业 我想试着做出来 你们一定要帮帮我啊 附上我用的文件#BIOSYM btcl 3 # # Input File For Discover Generated By Materials Studio # Input Client Model Document: D:\Untitled Files\Documents\TATNBZ.TATB (0 0 1).xsd # Job: [6FVNE] - TATNBZ.TATB (0 0 1) Disco Min # autoEcho off # # Begin Forcefield Section begin forcefield = compass # # Nonbond section: forcefield nonbond \ +separate_coulomb \ vdw \ summation_method = atom_based \ cutoff = 9.50 \ spline_width = 1.00 \ buffer_width = 0.50 \ coulomb \ summation_method = ewald \ ewald_accuracy = 1.e-002 \ update_width = 1.00 \ dielectric_value = 1.0000 # # vdW long range energy correction vdWTailCorrection 9.50 # # Fix constrained Atom subset setAtomMovability fixed 2__fix \ "MDF_FIXED_ATOMS_SUBSET" # End Forcefield Section # # Minimization Section: minimize \ method = newton \ iteration_limit = 5000 \ sd \ convergence = 1000.0000000 \ line_search_precision = 0.5000000 \ cg \ convergence = 10.0000000 \ line_search_precision = 0.5000000 \ method = fletcher \ newton \ convergence = 0.1000000 \ line_search_precision = 0.5000000 \ max_atoms = 200 \ method = bfgs # # Write coordinate file: writeFile coordinate filename = .cor |
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2013-05-16 14:43:00, 4.08 K
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